По одной из версий название происходит от церкви св. Косьмы и Дамиана – однако ее местоположение не удается определить. Более занимательна вторая версия, согласно которой местность сперва получила название Мельница, так как до начала 18 века здесь были непроходимые леса и только на плотине реки Голедянки стояла мельница. А владел этой мельницей некий Кузьма. Действительно, писцовая книга 1624 г. зафиксировала здесь, среди владений Николо-Угрешского монастыря, «пустошь, что была Кузьминская мельница». Другим названием этой местности и возникшего здесь в первой четверти 18 века села стало Влахернское.

История усадьбы Влахернское-Кузьминки начинается в 1702 г., когда за помощь в оснащении флота и армии Петр I наградил поместьем с мельницей своего фаворита Григория Строганова. Строительство на этих землях началось при его сыновьях. В 1757 году дочь Строганова вышла замуж за князя Михаила Михайловича Голицына, получив имение в приданое. Наивысшего расцвета Кузьминки достигли в 1-й четверти 19 века, при сыне М. Голицына Сергее Михайловиче.

В 1716 году здесь был построен деревянный храм, освященный в честь фамильной иконы Строгановых – Влахернской Божьей Матери. Храм Влахернской иконы Божьей Матери перестраивался три раза, к 1785 его перестроил по инициативе М. Голицына Р. Казаков в стиле классицизма. Изображение Богоматери, хранящееся в церкви в Кузьминках, – список с Влахернской иконы из Успенского собора Московского Кремля. Напротив храма находился раньше главный дом и парадный двор. Их спроектировал архитектор И. Еготов в 1804–08 годах. Строительство или перестройка большей части построек усадьбы (Мельницы, мыльни, кухни, гротов, оранжереи) относится к 1816-1823 годам, по проекту известного архитектора Д. Жилярди. Эти постройки сохранились до наших дней. На въездных воротах находятся чугунные грифоны по проекту М. Кампиони. Ворота и ограда парадного двора появились в конце 19 – начале 20 века, с целью защиты частной территории от дачников, живущих в парковой зоне и окрестностях села. Со второй половины 19 века в усадебном парке и вокруг него строились дачи, образовавшие впоследствии дачный поселок. А в 1916 году подлинное здание господского дома уничтожил пожар.

До 1917 года Кузьминки оставались наследственной вотчиной князей Голицыных. Но после революции усадьба стала дробиться на части. В 1929 году церковь закрыли. Барабан храма и колокольня с часами были уничтожены, здание частично перестроили. Хозяйственные постройки были отданы под жилье. В 1936 году рядом с усадьбой появился Ново-Кузьминский поселок, после чего бывшая усадьба получила название Старые Кузьминки. Однако в эти же годы был заново отстроен главный дом усадьбы, уничтоженный огнем. Новое здание было построено по проекту Топорова и существует ныне. В 1960 году Кузьминки включили в границы Москвы. Усадьба стала памятником истории и архитектуры. А в 1976 году был создан Парк культуры и отдыха «Кузьминки». В 1992 году храм передали верующим и отреставрировали по существующим чертежам. Сейчас церковь действует, а парк и остатки усадебных построек открыты для осмотра.