Местность между Москвой-рекой и местом, где стоит сейчас павильон станции метро «Кропоткинская» издавна называлась Чертольем. С незапамятных времен здесь был овраг, по которому протекал ручей Черторый. Он начинался за Никитскими воротами, и тёк вдоль стен Белого города. Овраг был каменистый, неровный, ручей «как будто черт рыл», говорили москвичи. Отсюда и название. В конце XVI века по повелению царя Федора Иоанновича Москву окружила крепостная стена. Строил ее Федор Конь, была она белокаменная со множеством проездных и глухих башен. В местах, где стену пересекали улицы, были устроены ворота. Площади около этих ворот сохранились в Москве до сих пор и называются так же. Ворота, построенные около ручья Черторыя, назывались Чертольскими. От них отходили две улицы: Остоженка и Большая Чертольская. В 1658 году по приказу царя Алексея Михайловича улица и ворота были переименованы в Пречистенские. Царь ездил по улице в Новодевичий монастырь на молебен к иконе Пречистой Девы Марии.

Стена Белого города ветшала, в XVIII столетии враги российского государства уже не подходили так близко к Кремлю и необходимость в оборонительной крепости отпала. К 1780 году белокаменные стены были разобраны, и только названия площадей напоминали о крепости. Ручей Черторый сохранился дольше и лишь в конце XIX века его убрали в трубу.

На площади Пречистенских ворот издавна стоял Алексеевский женский монастырь. В 1838 году монастырь был выведен, а на его месте построен Храм Христа Спасителя.

В 1924 году площадь была переименована в площадь Кропоткинских ворот в память об известном революционере и ученом П.А. Кропоткине, жившем в конце Пречистенки в Штатном переулке.