В 1862 г. в московском Манеже прошла выставка животных, организованная Комитетом по акклиматизации животных и растений. По окончании выставки на руках у организаторов осталось много живых «экспонатов». Тогда и встал вопрос об открытии в Москве зоологического сада. Главным инициатором его создания был профессор Московского университета Анатолий Петрович Богданов. Рассматривались несколько вариантов размещения зоосада: Измайлово, Царицыно, Пресненские пруды. Выбор был сделан в пользу Пресни. Решающим фактором стала достаточная близость к центру города, а значит, удобство для потенциальных посетителей. Для устройства «живого музея на открытом воздухе» был засыпан один из прудов, у частных лиц были выкуплены соседние участки земли. И 31 января 1864 г. (12 февраля н. с.) Московский зоологический сад открылся.

Любопытный факт. В 1681 г. подле Пресненских прудов был построен загородный дворец царя Федора Алексеевича. При царской резиденции находился Потешный двор, для которого в 1685 г. «на дело ларя белому медведю» опустили 13 досок полуторных сосновых, да под ларь этот смастерили «колеса самые добрые». Таким образом, первый зверинец существовал на Пресне еще в XVII веке.

Первые постройки Зоологического сада спроектировал архитектор П.С. Кампиони. Он же доставил в Москву группу животных, подаренных Парижским акклиматизационным садом. Многие любители животных жертвовали Зоосаду деньги, дарили зверей. Командир фрегата «Светлана» И.И. Бутаков привез из кругосветного плавания коллекцию австралийских животных. Император Александр II подарил слона.

В конце 1870-х – начале 1880-х годов в Ботаническом отделении Зоологического сада действовал «Семейный сад», устроенный известным антрепренером М.В. Лентовским.

В последующие годы в Зоосаде были построены дополнительные павильоны и вольеры. При этом работали здесь известные московские зодчие: Л.Н. Кекушев, С.К. Родионов. В конце XIX века на углу Б. Грузинской и Б. Пресненской (ныне – Красная Пресня) улиц вместо простенькой деревянной арки появился нарядный вход с двумя башнями по проекту архитектора К.К. Гиппиуса. Действовала Биологическая станция, здание которой в неоклассическом стиле было возведено по проекту Р.И. Клейна (Конюшковская улица, дом 31, стр. 1).

Существенно пострадал зоосад во время событий 1905 г.: был разрушен целый ряд зданий, сгорела библиотека, уничтожен Аквариум.

В 1919 г. Зоологический сад национализировали. В последующие годы его территория существенно увеличилась, были созданы научные лаборатории и научно-исследовательские подразделения, а сам он получил новое, привычное для нас название, – Зоопарк.

В 1936 г. в Зоопарке был построен новый вход, по проекту скульпторов В.А. Ватагина и Д.В. Горлова, просуществовавший до 1964 г.

К 850-летию Москвы, в 1990-е годы, Зоопарк реконструировали (работы велись МНИИП «Моспроект 4»). Появилась новая входная группа, целый ряд новых вольеров, различные тематические экспозиции. В настоящее время в Московском зоопарке содержится более 1100 видов и почти 8000 экземпляров различных представителей фауны.