Берсеневская набережная расположена на низком берегу Москвы-реки, в Замоскворечье и является фактически продолжением Софийской набережной. Известна благодаря располагающимся на ней уникальным палатам Аверкия Кириллова и Дому правительства.

Происхождение названия набережной остается загадкой. Берсеневская набережная может быть одинаково связана как с растущим здесь крыжовником (от архаизма «берсень»), так и с прозвищем боярина Ивана Никитича Беклемишева, которого даже в некоторых документах упоминают как Берсень-Беклемишев. По этой версии, набережная получила свое название от решетки, опускавшейся на ночь поперек переулка для охраны жителей от лихих людей, и бывшей в ведомстве Беклемишева. Будь то колючий кустарник или неуживчивый нрав боярина, так или иначе происхождение названия местности можно связать с берсенем.

Иван Никитич Берсень-Беклемишев был дипломатом и одним из приближенных бояр при Иване III. Великий князь ценил его за быстрый ум и рвение, однако с новый государем, Василием III, Беклемишев не нашел общего языка, за постоянную критику был отлучен от участия в государственных делах, впоследствии был приговорен за несогласие с государем относительно развода с Соломонией Сабуровой и казнен в 1525 году. В честь Беклемишева названа и одна из башен Кремля, находящаяся напротив Софийской набережной. Возле неё внутри кремлевских стен находились палаты Беклемишева.

Принадлежавший Беклемишеву участок на Берсеневской набережной после его казни отошел в казну, а потом был жалован дьяку Кириллу, от которого пошел род Кирилловых. В 1656 году начинается строительство существующих ныне палат, известных по владельцу Аверкию Кириллову. Ныне здесь находится Российский институт культурологии.

В 1734—1735 годах Берсеневская набережная была укреплена сваями и стала проезжей улицей шириной от 4 до 11 сажен; в районе тогда числилось 25 дворов, вытянутых поперек острова. В конце столетия стали одеваться в гранит все московские набережные, однако за редким исключением постройки везде сохранялись деревянные. Пожар 1812 года уничтожил значительную часть застройки, и восстановление затянулось до 1840-х годов.

В последней трети XIX века набережная приобрела промышленный характер. В 1885 году на набережной началось строительство кондитерской фабрики Эйнем. Уроженец Вюртемберга, сам Теодор Эйнем умер еще до начала строительства; построенная фабрика фактически принадлежала его компаньону, Юлиусу Гейсу из Шварцвальда. В 1922 году фабрика была переименована в «Красный Октябрь» и славилась не только отличным шоколадом, но и сладким запахом, который при определенном направлении ветра можно было почувствовать в том или ином конце Замоскворечья.

В квартале между Берсеневской и Болотной набережной, ближе к Софийской, располагался Винно-соляной двор со складами. В 1906 году часть строений была переделана или построена заново для нужд первой по счету московской электростанции, питавшей московский трамвай. Ныне она известна как МОГЭС-2. Все остальные строения двора были снесены при постройке Первого Дома Советов (известного впоследствии как Дом на набережной по названию одноименной повести Юрия Трифонова). Дом имеет 25 подъездов, выходящих как на Берсеневскую набережную, так и на улицу Серафимовича, был построен по проекту архитектора Иофана в 1927 – 1931 году и заселен членами ЦК ВКП(б), старыми большевиками, героями Гражданской войны, семьями Наркомов и их заместителей, артистами, военными, представителями новой советской элиты. Многие жильцы дома были репрессированы в годы Большого террора. Ныне дом является объектом культурного наследия, в нем существует краеведческий музей.

В 2004 году был построен Патриарший мост, связавший Берсеневскую набережную с площадкой, где располагается Храм Христа Спасителя. Это включило ранее малолюдную набережную в карту прогулочных маршрутов.