До мая 2016 года аллея, представляющая собой сквер, не имела названия. 24 мая 2016 г. Правительством Москвы было принято решение назвать ее в честь русского архитектора, живописца и сценографа Фёдора Шехтеля (1859—1926). По его проектам было построено большое количество столичных зданий, среди которых здания Ярославского вокзала, Московского Художественного театра в Камергерской переулке и др. Неподалеку от аллеи расположены пять зданий, связанных с именем архитектора, в том числе особняк Шехтеля с флигелем-мастерской.