Родился, вероятно, в Варшаве, о чем нет достоверных сведений – сам он называл себя варшавским мещанином. В 1898 году приехал с братом Карлом и сестрой Сусанной в Москву. Неизвестно, где получил профессиональное образование, но подписывал свои проекты как техник архитектуры. 

В 1900 году получил разрешение на право производства работ по гражданской, строительной и дорожной части Техническо-строительного комитета МВД. Имел свою архитектурную контору в собственном доме в Курбатовском переулке. Много строил доходных домов для богатых заказчиков в модных стилях – эклектике, модерне, неоклассицизме, неорусском стиле, в начале карьеры перестраивая и надстраивая здания в центре Москвы. Среди них в 1908 г. построил на Садовнической ул., 9, доходный дом с хозяйственной пристройкой по заказу Е.Е. Привалова. Но в списках Архитектурного общества или среди членов Русского Технического общества Эрнест Нирнзее не значился.

Известно, что его брат Карл купил владение в Курбатовском переулке на Пресне (нынешней ул. Климашкина), открыл слесарно-механический заводик, преуспел и стал именовать себя в документах «московским купцом».

Самый знаменитый «Первый дом Нирнзее» был спроектирован в Большом Гнездниковском переулке и построен в 1912 году. Его фасад был решен в стиле неоклассицизма, а со двора он имел черты будущего конструктивизма и рационализма 20-х годов. «Второй дом Нирнзее» строился одновременно с первым - в Оружейном переулке. В 1912-1913 гг. Эрнест Нирнзее построил доходный дом М.И. Бабанина в Климентовском переулке.

Его карьера прекратилась в 1918 году вместе с революцией 1917 года. Конец его жизни скрыт. По одной версии он бросился в пролет лестницы своего «Первого дома Нирнзее», по другой – эмигрировал вместе с семьей, но куда – неизвестно.