Родился в семье пастуха, в юности сам пас скот, систематического образования не получил. Учился по книгам, прежде всего — испанских поэтов золотого века (в особенности Гонгоры), которые брал сначала у благоволившего ему местного каноника, затем в публичной библиотеке. Входил в кружок литературной молодежи Ориуэлы, дебютировал местном еженедельнике в 1929.

Приехав в Мадрид (1934), познакомился с Висенте Алейксандре, Федерико Гарсиа Лоркой, Пабло Нерудой, Марухой Мальо (она позднее будет иллюстрировать его книгу «Неугасимый луч»). Член Коммунистической партии Испании, участвовал в Гражданской войне на стороне республиканцев, писал стихотворные листовки. Принимал участие во Втором международном конгрессе писателей против фашизма в Мадриде и Валенсии (1937). В том же году посетил СССР. В 1937 женился на Хосефине Манреса, девушке из родных мест, которую знал с детства. В 1938 умирает его новорожденный сын. В 1939 рождается второй.

В апреле 1939 Мигель Эрнандес пытался эмигрировать в Португалию, был задержан салазаровской полицией и передан жандармам Франко. Находился в тюрьмах Мадрида, Севильи, Толедо. В марте 1940 был приговорен к смерти, под давлением общественности казнь заменили 30-летним заключением. Через два года умер в тюрьме от туберкулеза.

Хотя по хронологии Эрнандес должен был бы принадлежать к так называемому «поколению 1936 года», его творчество обычно рассматривают в рамках Поколения 1927 года, с представителями которого он был творчески и дружески связан.

Многие стихотворения Эрнандеса положены на музыку. 50-летие со дня смерти поэта (1992) было отмечено в Испании выходом двухтомного собрания его сочинений и писем. Университет в Эльче носит его имя (1997).