Музей рассказывает о жизни евреев в Российской Империи и СССР. В Российской империи, а затем в Советском Союзе проживала крупнейшая по численности еврейская община и сформировался особый тип российского и советского еврейства.

Экспозицию музея можно условно разделить на две части:

• традиционная культура – сложившиеся формы существования общины, образование, благотворительность, особенности быта, соблюдение религиозных предписаний и т.д.;
• исторические процессы – взаимоотношения евреев с обществом и властью, вклад евреев в развитие экономики, культуры и науки, опыт землеустройства евреев и попытка создания в СССР еврейской автономии.
  

Практически все экспонаты музея – это подлинные предметы, свидетельства ушедшей реальности, в которую предлагается вглядеться посетителям. Они представлены на фоне коллажей и текстов, воссоздающих определённый исторический или художественный контекст в духе еврейской комментаторской традиции.