Музей был открыт 25 сентября 1999 года в честь 300-летия района Лефортово. Это единственный в Москве музей, экспозиция которого посвящена истории одного района.

Сейчас мы с вами пройдёмся по экспозиции, материалы которой рассказывают о трёх веках жизни района, вошедшего в черту города Москвы в середине XIX века. Кроме того, залы разделены на три тематические зоны, связанные с тремя сферами жизни района: медицинской, военной и промышленной.

Среди экспонатов музея есть как подлинные предметы, так и научные воспроизведения. Музей истории «Лефортово» является филиалом Музея Москвы.

Старший научный сотрудник Музея Москвы — Денис Ромодин.