Музей «Дом на набережной» был образован 12 ноября 1989 года по инициативе одной из старейших жительниц дома, Тамары Андреевны Тер-Егиазарян. Под музей было выделено помещение на первом этаже дома — бывшая квартира начальника охраны подъезда. Тамара Андреевна собрала вокруг себя многих жителей дома. В подъездах были развешаны объявления с просьбой приходить в музей, рассказывать о своих семьях, приносить фотографии, документы, книги, предметы быта. Перед коллективом образовавшегося музея возникла задача составить списки жителей дома, начиная с 1931 года. Велись поиски в ГАРФ, РГАСПИ, Объединенных Московских и других архивах. За много лет музею удалось восстановить имена жильцов, принимавших участие в Великой Отечественной Войне, и тех, кто пострадал в годы сталинских репрессий. С середины 1998 года Постановлением Правительства Москвы музей был реорганизован в Муниципальный краеведческий музей Управления культуры ЦАО города Москвы. Директором стала Ольга Романовна Трифонова, писательница, вдова советского писателя Юрия Валентиновича Трифонова, автора повести «Дом на набережной». В 2014 году музей «Дом на набережной» стал отделом музейного объединения «Музей Москвы», а с 2016 года вошел в состав Государственного музея истории ГУЛАГа.