Вслед за главным домом усадьбы Рогожиной в конце 1780 – начале 1790 гг. в центральной части владения построили восточный (хозяйственный) флигель. Впоследствии, после разделения усадьбы в 1830-е годы, он стал отмечать восточную границу нынешнего участка № 53 по Николоямской улице. Скорее всего, флигель был одноэтажным и деревянным, использовался под амбар (как и западный флигель усадьбы) и каретный сарай. В 1790-х гг. здание было надстроено вторым жилым этажом. После московского пожара 1812 года флигель восстановили из кирпича, надстроив над ним третий этаж. Но это не уберегло его от нового пожара – уже в 1834 году. Правда, тогда в огне уцелели подвальные своды. Они сохранились до наших дней; исследователи признают особую историко-архитектурную ценность этих одностолпных сводчатых помещений под флигелем, в северной и южной части здания.

В 1894 году восточный флигель усадьбы Рогожиной подвергнулся новой основательной перестройке. Хозяева, очевидно, думали о максимально эффективном использовании усадебного пространства. С северной стороны к восточному флигелю сделали внушительную жилую пристройку: два этажа с подвалами. Как следствие – изменился и фасад: была заложена часть полукруглых ниш, пробиты новые оконные и дверные проемы. Внутри здания были устроены две новые каменные лестницы. Центральная часть дворового, западного фасада была выделена тремя арками, на боковых фасадах находились ниши с конхами. Они включены в предмет охраны памятника.

В таком виде восточный флигель дожил до революции 1917 года, и на протяжении XX века существенных изменений в его облик уже не вносилось. Здесь располагались коммунальные квартиры.

В 1990-е годы усадьба пустовала, и к 2000-м гг. флигель был практически разрушен, так как почти сто лет в здании не было ни ремонта, ни каких-либо противоаварийных мероприятий. Рухнули крыша и междуэтажные перекрытия, серьезно пострадала кирпичная кладка: она была утрачена в части сводов и во внутренних и наружных стенах здания. На переднем фасаде сохранялась после поздней перестройки лишь одна арочная ниша. Цела она, к счастью, и по сей день.

Восточный флигель, как и главный усадебный дом, является объектом культурного наследия федерального значения. В 2004–2006 гг. проведена реставрация здания.