Первоначально село Ваганьково находилось возле Кремля: об этом напоминает Староваганьковский переулок у Воздвиженки. В XVII веке его жителей: скоморохов, гусляров, псарей – вместе с Потешным псаренным двором перевели за пределы города: сначала в район нынешней Кудринской площади, потом к Волкову переулку, а затем на место современного кладбища. В 1696 году они еще раз переехали – на Пресню, в район Нововаганьковского переулка. На месте же предыдущего поселения осталось небольшое кладбище. Оно и стало основой для будущего Ваганьковского некрополя.

В 1770–71 годах страшная эпидемия чумы в Москве унесла жизни десятков тысяч человек. Для остановки распространения болезни было решено запретить погребение в черте города и создать новые места для захоронений за ее пределами. Ваганьковское кладбище стало одним из таких. В 1772 году здесь выстроили деревянную кладбищенскую церковь во имя Иоанна Милостивого, вместо которой в 1819–24 годах появился каменный храм с главным престолом в честь Воскресения Словущего.

Изначально Ваганьковское кладбище считалось не самым престижным: дворянство предпочитало монастырские некрополи. Но во второй половине XIX века оно постепенно превращается в некрополь деятелей науки, культуры и искусства. Здесь были похоронены архитекторы К.М. и М.Д. Быковские, Ф.О. Шехтель, К.В. Терский, художники В.И. Суриков, А.К. Саврасов, В.А. Тропинин, ученые К.А. Тимирязев, И.В. Цветаев, Г.Ф. Кнорре, композитор А.Н. Верстовский.

Самые старые надгробные памятники датируются началом XIX века. На Ваганьковском кладбище можно увидеть множество надгробий XIX–ХХ веков, многие из которых имеют статус памятников истории и культуры: белокаменные саркофаги, увенчанные вазами колонны, стилизованные «античные жертвенники», аналои с раскрытым Евангелием, часовни. Из купеческих захоронений заслуживает внимания участок династии булочников Филипповых. Одним из крупнейших памятников является мемориал жертвам Ходынской катастрофы 1896 года по проекту И.А. Иванова-Шица.

В 1925 году здесь похоронили С. Есенина. В 1980 при огромном стечении людей прошли похороны В. Высоцкого. Тысячи людей пришли проститься с В. Листьевым, убитым в Москве 1 марта 1995 года. Известных людей хоронят здесь по сей день.