Нынешний Лепехинский тупик когда-то был переулком и соединял улицу Покровку с Казарменным переулком. В конце XVIII в. часть его была застроена, и переулок превратился в тупик, хотя продолжал называться переулком: он значился на картах как переулок Тупик, Тупой или Покровский переулок.

Самое старое здание Лепехинского тупика – усадебный дом (палаты) купцов Андроновых, построенный в конце XVIII – начале XIX веков, т.е. еще до пожара 1812 г. Андроновы, владевшие этой усадьбой с начала XVIII в., были удачливыми купцами, содержали харчевню у Покровской башни Белого города, а после того как белгородская стена была разобрана, устроили на ее месте постоялый двор с кузницей (позже на этом месте была построена одна из гостиниц у Покровских ворот).

Свой нынешний облик дом приобрел во второй половине XIX в., когда его фасад был переделан в соответствии с новой архитектурной модой – в формах эклектики с элементами классицизма. Его первый этаж (на котором читаются лопатки старых палат) был отделан рустом, второй этаж украшен изящными пилястрами ионического ордера. Центр фасада выделен балконом на кронштейнах с проездной аркой под ним (сейчас заложена), дверной проем балкона украшен декоративным сандриком в виде карниза.

В 1868 г. бывшее владение Андроновых купила Елизавета Милюкова, которая основала здесь лечебницу в память о своем дяде, статском советнике Сергее Васильевиче Лепехине. Содержалась лечебница за счет капитала Милюковой и платы за лечение, которую взимали с состоятельных пациентов. В 1878 г. лечебница была включена в состав учреждений Александровской общины «Утоли моя печали», которую патронировала княгиня Наталья Борисовна Шаховская, известная подвижница и благотворительница.

В 1890 г. на территории лечебницы был выстроен домовый храм преподобного Сергия Радонежского, выполненный в псевдорусском стиле. В начале ХХ в. были построены еще два здания – двухэтажный больничный корпус в глубине владения и четырехэтажный доходный дом, помещения в котором предполагалось сдавать внаем. Доход должен был идти на содержание лечебницы.

В 1906 г. лечебница им. Лепехина перешла в ведение городской управы. Врачебный совет управы рекомендовал создать на ее базе родильный дом, под размещение которого предлагалось приспособить четырехэтажный доходный дом, что и было сделано. Роддом открылся здесь в 1907 г., его первым главным врачом стал знаменитый акушер-гинеколог Григорий Львович Грауэрман. В 1910 г. при Лепехинском родильном доме была открыта больница для послеродовых больных с амбулаторией, названная в честь Л.И. Тимистера, на чьи средства она была создана.

В 1929 г. Родильный дом им. Лепехина и больница для послеродовых больных им. Тимистера были преобразованы в Институт охраны материнства и младенчества, который позже был переименован в Московский областной научно-исследовательский институт акушерства и гинекологии (МОНИИАГ), который и располагается здесь до сих пор.

Исторический комплекс роддома и больницы сохранился в первоначальном виде, за исключением Сергиевской церкви, которая была обезглавлена в советские годы и приспособлена под нужды института.