Церковь Троицы в Вишняках впервые упоминается в1642 году как деревянная, расположенная в стрелецкой слободе. А в 1678 году стрельцами «Матвеевского приказа Вишнякова» она была отстроена в камне в память о погибших при осаде Чигирина товарищах. Поэтому и переулок, на углу которого стоит храм, носивший до 1922 года название Лужниковского (или Лужнецкого), был переименован при ликвидации одноимённости московских улиц и переулков в Вишняковский.

Судьба самого Матвея Михайловича Вишнякова – стрелецкого головы –драматична. Во время стрелецкого бунта 1682 года Вишняков был отправлен в отставку, а вскоре взят под стражу вместе со своим отцом дьяком Михаилом Вишняковым. Оба были пытаны. Отец под пыткой скончался, а Матвея Михайловича постригли в монахи и сослали. Дальнейшая судьба его неизвестна.

В начале XIX века Троицкая церковь была полностью перестроена на деньги купца Семёна Лонгиновича Лепёшкина, усадьба которого находилась напротив храма. Семен Лепешкин был купцом 1-ой гильдии, коммерции советником, потомственным почетным гражданином, и три года с 1846 по 1849 – московским городским головой. Во время службы Лепёшкина Московское купеческое общество создало особый общественный денежный капитал, который предназначался на покупку в неурожайные годы хлеба. Были собраны пожертвования на иллюминирование Красной площади и Гостиного двора «по случаю празднования 700-летия Москвы», была учреждена лечебница «на случай появления в Москве холеры». Храм был готов к освящение, но до нашествия Наполеона храм освятить не успели. После ухода французов церковь пришлось ремонтировать.

В 1826 году к церкви была пристроена новая прекрасная колокольня в классическом стиле. В конце XIX столетия храм обновлялся. Звон колоколов Троицкой церкви явился, по признанию знаменитого звонаря-виртуоза К. К. Сараджева, сильнейшим потрясением его детства. Эти колокола во многом предопределили его дальнейшую судьбу.

В 1922 году Троицкий, как и все московские храмы, был ограблен новой властью, из него изъяли «19 пудов 18 фунтов ¼ золотника золотых и серебряных изделий». Вскоре после этого церковь была закрыта, снесён домик причта и павильон на углу с переулком. В здании попеременно размещались различные конторы. Последним, в 1980-х годах, здесь находился отдел кадров некоего «Московского конструкторского технического бюро». В 1991 году храм первым в Замоскворечье был возвращён верующим. Сегодня церковь – храм православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Все убранство интерьера выполняют преподаватели и студенты факультета церковных художеств университета. В алтаре выложена мозаика из смальты лучших производителей в византийском классическом стиле.