Эта церковь дала название всему переулку – Черниговский. При взгляде со стороны Пятницкой улицы невольно возникает вопрос: почему две церкви поставлены так близко друг от друга? Чтобы ответить на этот вопрос, нужно вернуться на 600 лет назад.

В XIV – XV веках в этой части Замоскворечья существовал Ивановский под Бором монастырь, главный собор которого был освящён в честь Усекновения Главы Иоанна Предтечи. В 1530-х годах мать будущего царя Ивана IV Грозного, княгиня Елена Глинская, перенесла монастырь на Кулишки – там он находится и сегодня. В Замоскворечье же остались его церкви, превращённые в приходские. В 1625 году напротив Иоанно-Предтеченского храма, на бывшей монастырской земле, была построена деревянная церковь, освящённая в честь святых Михаила и Фёдора Черниговских, канонизированных в лике мучеников – они были убиты в Золотой Орде за отказ поклониться идолам. В 1578 году, на этом месте торжественно встречали перенесенные из Чернигова мощи. Церковь была выстроена как памятник этому событию. В 1675 году на средства купчихи Иулиании Малютиной сооружена каменная пятиглавая церковь, сохранившаяся до наших дней практически без изменений.

Храм Черниговских чудотворцев выстроен в традиционных формах церковного зодчества XVII века. Ранее с западной стороны к храму примыкала шатровая колокольня, однако ещё в XVIII веке она была разобрана по причине ветхости. В остальном храм остался прежним, увенчан пятью главами, под которыми расположено два ряда декоративных кокошников.

Православные богослужения в храме прекратились в 1924 году, после чего он некоторое время действовал как молитвенный дом баптистов. В 1934 году он окончательно был закрыт и превращён в склад, в результате чего интерьеры были полностью уничтожены. В 1970-х годах была проведена реставрация. восстановлены снесенные при советской власти барабаны с главами, четырехскатная крыша снята и раскрыты находившиеся под ней кокошники. Главы покрыты зеленой поливной черепицей. Богослужения в церкви возобновились в 1993 году.

В 2012 году начались реставрационные работы на всем архитектурном комплексе Черниговского Патриаршего подворья, включающего в себя церковь Черниговских чудотворцев, храм Усекновения Главы Иоанна Предтечи под Бором, его колокольню и доходный (странноприимный) дом.

К тому времени здание церкви Черниговских чудотворцев находилось в неудовлетворительном состоянии, часть росписей была утеряна, а участок прилегающей территории запущен и неблагоустроен. На первом этапе работ проводились реставрация и воссоздание ограждения церковной территории. На памятнике были усилены фундаменты и грунты основания, укреплены кирпичные стены и своды, отреставрирована стропильная система и кровля. особое внимание уделялось реставрации и воссозданию главок крестов с подкрестными яблоками. Проект предусматривал также ремонтно-реставрационные работы по фасадам, реставрацию белокаменных крылец входов и цоколя, а также деревянного перекрытия притвора, воссоздание дубовых оконных блоков. В интерьерах проводились реставрационно-консервационные работы по монументальной масляной живописи.

В 2014 году объект стал лауреатом конкурса Правительства Москвы на лучший проект в области сохранения и популяризации объектов культурного наследия "Московская реставрация" в номинации: "За лучшую организацию ремонтно- реставрационных работ".