Стрелецкий полк известен с 1650-х годов, когда им командовал Василий Иванович Философов. В 1668 году его сменил Богдан Пыжов. Стрельцы Богдана Пыжова и построили этот храм в камне в 1657 году (в разных источниках стоят 1670-е годы). Храм имел два придела: в честь святителя Николая Чудотворца и в честь преподобных Антония и Феодосия Печерских. По московской традиции храмы часто именовались по приделам, церковь известна как Никольская, а главный престол освящен во имя Благовещения

Под командованием Пыжова полк отличился в походе против «запорожских черкас» гетмана И. М. Брюховецкого в 1668 г., против Стеньки Разина двумя годами позже, потом воевал против заяицких казаков. А в 1682 году стрельцы подали челобитную государю на своего полковника Богдана Пыжова, обвинив его в незаконном вычитании денег из их жалования. Что, мол, «вычитал он по половине денежного жалования, а у иных и того больше». Проводивший расследование боярин Иоанн Языков решил дело в пользу власти и челобитчиков жестоко наказали: их били кнутом и послали в ссылки. Однако стрельцы считали, что Языков вел следствие "неправедно". Косвенно их правоту доказывает отстранение Пыжова от командования. В феврале 1682 г. он был отправлен воеводой в далекий вятский городок Кайгород.

Эта ссылка возможно спасла Пыжова. Ведь в 1698 году было восстание московских стрелецких полков, во время усмирения которого несколько тысяч стрельцов было повешено. Мог бы и Богдан Пыжов сложить там голову. Его бы убили или стрельцы или петровские войска.

В 1692 году стрельцы пристроили к церкви колокольню.

В 1811 году был построен южный Никольский придел и одновременно реконструирована трапезную – увеличена высота свода трапезной. А в 1812 году церковь была разорена французскими войсками Наполеона Бонапарта.

С 1858 года, почти полвека, о храме заботились жившие рядом известные купцы Лямины. И. А. Лямин был церковным старостой прихода.

Храм стоит в глубине участка за решетчатым забором. Из-за деревьев выглядывает двусветный четверик завершающийся волной кокошников, а выше поднимаются пять куполов храма. Впечатляет редкое даже для XVII века богатство декоративного убранства. Все окна северного фасада имеют разное обрамление с тонкой резьбой по камню. Замечательно оформление западного портала трапезной с гирляндами резных архивольтов и резными колонками, базы которых идентичны капителям, как принято было в конце XVII века. В стройной шатровой колокольне –16 слуховых окон, звон ее колоколов, был слышен по всему Замоскворечью. Ограда храма была сделана в конце XIX века.

Большевики разорили храм в 1922 году, а в 1930 вообще его закрыли. Иконы отдали в Третьяковку, а колокол передали в Большой театр, где он звонил во время представления оперы «Борис Годунов». Потом его повесили в Богоявленском соборе в Елохове.

В 1960 году храм реставрировали. Там размещали потом Научно- исследовательские институты и мастерские. В 1990 году храм вернули верующим.