В настоящее время этот храм является хранителем главной святыни Русского народа и Российского государства – Чудотворного Образа Владимирского Пресвятой Богородицы.

С 1851 г. участок храма Святителя Николая Угодника в Толмачах стал соседним с участком городской усадьбы П.М.Третьякова – московского купеческого головы и основателя легендарной Третьяковской Галереи, который выступил меценатом крупных работ в храме в 1856 – 1858 гг.
Чудотворный Образ Владимирской Пресвятой Богородицы Матери Божьей Девы Марии был принесен из Владимира в Москву в 1395 г. во время похода на Северо-Восточную Русь среднеазиатского полководца Тимура (Тамерлана). Благодаря заступничеству Чудотворного Образа Северо - Восточная Русь была спасена от разгрома: дойдя до р. Оки, Тамерлан повернул назад, в Среднюю Азию. Чудотворный Образ Владимирской Пресвятой Богородицы Девы Марии был установлен в кафедральном митрополичьем (позднее – патриаршем) Успенском Соборе Московского Кремля, в котором находился до 1918 г. В 1918 г. Чудотворный Образ был передан в Исторический музей, в 1927 г. – в Третьяковскую галерею.

В настоящее время Чудотворный образ установлен в храме Святителя Николая Угодника в Толмачах для всеобщего обозрения и поклонения в специальном закрытом киоте – футляре, внутри которого обеспечивается
постоянная музейная система максимально благоприятных условийсохранения бесценной реликвии; контроль за сохранением Чудотворного Образа осуществляют сотрудники Третьяковской галереи.

Сам храм Святителя Николая Угодника Мир-Ликийского и Барийского в Толмачах в Замоскворечье является выдающимся памятником истории и культуры Москвы.
Храм в Малом Толмачевом пер. уже определением своего местонахождения напоминает об одном из интереснейших районов Москвы и особом этапе развития Замоскворечья, когда в южной части Москвы за р. Москвой размещали иноверцев, рядом с которыми разместились переводчики – толмачи. Замоскворечье стало районом крупного торга – об этом напоминает название ул. Пятницкой в честь снесенного храма Параскевы Пятницы (место павильона метро «Новокузнецкая»). Естественно появление в этом районе храма в честь Святителя Николая Угодника – покровителя путешественников.

Храм Святителя Николы Угодника в Толмачах впервые упоминается в описях Москвы в 1625 г., но существовал, скорее всего, гораздо раньше. Это объясняется тем, что плотное заселение Замоскворечья в качестве полноценного района Москвы, начинается только после завершения Смуты начала XVII в., более ранняя информация об этом районе достаточно отрывочная.

Современный комплекс храма Святителя Николая Угодника в Толмачах расположен почти строго по оси запад – восток перпендикулярно трассе Малого Толмачева пер. (с севера на юг от русла р. Москвы) и включает две основные исторические части: выходящую на красную линию трапезную храма с колокольней 1833 – 1834 гг. на месте частей храма конца XVII в. и расположенный за трапезной собственно храм 1690 – 1697 гг.
Современное здание собственно храма Святителя Николая Угодника в Толмачах было построено в 1690 – 1697 гг. с посвящением храма Сошествию Св. Духа и устройством Никольского предела в трапезной на средства богатых кадашевских торговых гостей Кондратия и Лонгина Добрыниных и представляет собой яркий пример московского храмового строительства конца XVII в.

Уже в конце XVII в. комплекс храма Сошествия Св. Духа (Святителя Николая Угодника) в Толмачах представлял собой пример организованной градостроительной композиции (типология «кораблем»), когда колокольня, трапезная – «теплый храм» и собственно основной объем «зимний храм». строились с соблюдением расположения частей по единой оси, при благоприятных обстоятельствах – либо перпендикулярно трассе, либо параллельно. Храм Сошествия Св. Духа (Святителя Николая) в Толмачах сильно пострадал во время Отечественной войны 1812 г., к концу 1820х гг. колокольня накренилась и пошла трещинами, что вызвало необходимость ее разборки и строительства новых частей комплекса. 

Сохранившееся от конца XVII в. основное здание «зимнего храма» представляет собой крупный вертикальный объем с двумя симметричными рядами проемов на южном и северном фасадах в 3 оси. С южной стороны в центре нижнего яруса расположен проход внутрь храма.
Храм бесстолпный, внутри перекрыт высоким 4-лотковым сомкнутым сводом (из четырех треугольников), снаружи перекрыт четырехскатной кровлей с 5 декоративными барабанами без окон под луковичными главами.
Примерно на уровне подъема сводов на фасадах храма карнизом выделен своеобразный аттик с декоративными раковинами над осями окон, подражающими раковинам на фасадах Архангельского собора Московского Кремля.

Оформление проемов на фасадах храма Святителя Николая в Толмачах отличается определенной строгостью. Наличники включают достаточно строгие почти ордерные полуколонны, завершения наличников – тимпаны выполнены в виде разорванных фронтонов с «гирьками» в месте разрыва.

В 1832 – 1833 гг. под руководством известного московского архитектора Ф.М.Шестакова к историческому зданию храма Сошествия Св.Духа (Святителя Николая Угодника) в Толмачах на месте аварийных частей были пристроены новые трапезная и колокольня, выступающие на красную линию Малого Толмачева пер.
Ф.М.Шестаков, работавший с такими ведущими архитекторами Москвы первой трети XIX в., как О.И.Бове и В.П.Стасов, стал очень видным представителем московского послепожарного ампира, к прекрасным памятникам которого относятся части храма Святителя Николая в Толмачах.

Новые части храма составляют очень эффектную композицию, центральную часть этой композиции занимает четырехярусная колокольня, нижний ярус которой занимает тамбур главного входа в храм.
Вертикальный взлет колокольни эффектно подчеркивает фланкирующий колокольню ярко выраженный горизонтальный объем трапезной, вытянутый вдоль трассы Малого Толмачева пер., внутри которого устроены Покровский и Никольский пределы. Наружное оформление трапезной включает эффектные ампирные арочные тимпаны над прямоугольными окнами, которые отчасти напоминают оформление строившегося чуть раньше расположенного неподалеку на Большой Ордынке храма Чудотворного Образа Всех Скорбящих Радости архитектора О.И.Бове.

Крупные работы в храме Святителя Николая в Толмачах были проведены в 1856 – 1858 гг. на средства П.М.Третьякова и братьев Медынцевых, когда храм в значительной степени приобрел исторический внутренний облик, сохранявшийся до его закрытия в 1929 г. Именно тогда было выполнено необычайно торжественное оформление пределов трапезной, был расписан внутри храм конца XVII в. (бригада иконописца Степанова), был заново выполнен по историческому образцу иконостас с установкой исторических икон храма.

В 1929 г. храм Святителя Николая в Толмачах был закрыт и передан Государственной Третьяковской Галерее для размещения фондов.
В 1993 г. зданию возвращен статус храма с проведением служб.
В 1997 г. при самом активном участии Государственной Третьяковской галереи была проведена полная реставрация храма Святителя Николая с максимальным восстановлением исторического облика фасадов и интерьеров на 1929 г.

Постоянно проводятся поддерживающие работы.