Маленькая церковь на Маросейке словно зажата между двумя громоздкими зданиями, но при этом не теряется на их фоне, ярко выделяясь своим красным фасадом с белыми деталями. В начале ХХ века этот храм и его настоятеля знала вся Москва.

Впервые церковь на этом месте была построена в 1468 году: своим появлением она обязана великому князю московскому Ивану III, который возвел деревянный храм в честь Симеона Дивногорца – в благодарность за то, что пожар, произошедший в Москве в день памяти этого святого, не перекинулся на Кремль. Однако в дальнейшем следы церкви теряются, и в XVII веке она упоминается уже как Никольская, что в Блинниках. Последнее наименование в XVIII веке стало звучать иначе – «в Кленниках». Сейчас используются оба варианта, но более оправданным считается «в Блинниках», так как на соседней площади Ильинских ворот в древности торговали блинами. Упоминания же о клёнах в этом месте не найдено, но зато известна чудотворная икона святого Николая, явившаяся в подмосковной деревне Кленники – возможно, это повлияло и на народное прозвание столичной церкви.

Существующее здание состоит из разновременных частей. В основе его – каменный храм 1657 года, однако он несколько раз значительно перестраивался. Так, в 1690 году был освящен второй придел во имя Казанской иконы Божией Матери. После крупного пожара 1701 года церковь стала двухъярусной, с Казанским престолом вверху и Никольским внизу, приобрела одноглавое завершение. Тогда же ее фасад, выходящий на Маросейку, получил наличники, выдержанные в стилистике нарышкинского барокко, с гребнями и разорванными фронтонами. Еще один пожар произошел в 1748 году, после которого через год была перестроена трапезная и возведена новая трехъярусная колокольня – с рустованной аркой внизу (позднее заложена и превращена в окно) и ярусом звона наверху. В дальнейшем церковь еще несколько раз обновлялась, были утрачены наличники на четверике, но радикальных перестроек более не производилось.

Всеобщая известность к храму святого Николая Чудотворца на Маросейке пришла в 1910-х годах, когда здесь начал служить протоиерей Алексий Мечёв. За свою доброту, отзывчивость и сострадание чужому горю он получил прозвища «добрый пастырь» и «главный московский батюшка». После его смерти в 1923 году приход возглавил его сын, Сергий Мечёв – впоследствии он был арестован и погиб в лагерях.

В 1920-х годах церковь продолжала действовать, в 1927 году в результате реставрации были воссозданы наличники на четверике. Но в 1931 году богослужения прекратились, после чего здание использовалось сначала в качестве склада, а затем было переделано под кабинеты для ЦК ВЛКСМ. Внутреннее убранство при этом оказалось полностью уничтожено. Снаружи у церкви были разобраны главы на четверике и колокольне, однако большая часть отреставрированного декора осталась нетронутой. В 1990 году храм был передан новой православной общине, которая возобновила богослужения. Установлены новые иконостасы, заново сделаны росписи. В 2000 году Алексий и Сергий Мечёвы были канонизированы и в честь каждого из них в нижнем ярусе церкви появились приделы.