Ныне существующая церковь Святителя Николая Чудотворца в Звонарях была построена в 1762 г. известным московским архитектором Карлом Бланком.

Карл Иванович, мастер барокко и раннего классицизма, подарил москвичам не один замечательный памятник архитектуры. По его проектам в Москве был построен целый ряд православных храмов, но, к сожалению, не все они уцелели.

Сам зодчий долгое время жил на Рождественке, по всей видимости — во владениях графа И.И. Воронцова. Именно Воронцов стал храмоздателем церкви в Звонарях.

Но храм на Рождественке впервые появился задолго до XVIII в. В старину здесь находился «Убогий дом», куда для погребения свозили людей, не имевших родственников, умерших несчастной смертью на улице, а при нём находилась деревянная Никольская церковь, получившая имя Николы Божедомского. Позже, когда все «убогие дома» были переведены на окраины города, храм стал приходской церковью Звонарской слободы и стал именоваться «Никола в Звонарях»: звонари кремлевских колоколен и церковные сторожа издавна облюбовали себе высокий левый берег реки Неглинки неподалёку от Рождественского монастыря.

Церковь несколько раз горела, ее восстанавливали вновь, а в 1657 г. она была отстроена в камне.

Спустя сто лет принимается решение перестроить храм. Тогда и была возведена новая церковь Святителя Николая Чудотворца в Звонарях, известная нам сегодня. Она сооружена в стиле барокко с элементами классицизма и состоит из двухпридельного храма с главным Благовещенским престолом и придельным во имя Николая Чудотворца, а также более поздней двухпридельной трапезной и колокольни. На вытянутом четверике возвышается стройный восьмерик, увенчанный небольшой луковичной главкой. Храм декорирован белым камнем, пышными капителями и крупными наличниками, украшенными головками серафимов.

Во время Отечественной войны 1812 г. здание пострадало, в результате чего были перестроены каменная ограда и два крыльца. Тогда же церковь получила новую трапезную и колокольню в классическом стиле.

В 1933 г. храм был закрыт. Первоначально в нем устроили склад, а позже здание передали Московскому архитектурному институту, и здесь разместилась кафедра рисунка МАРХИ.

В 1994 г. церковь возвратили верующим, и начались работы по восстановлению и реставрации храма. В это же время патриархом Алексием II было принято решение о создании подворья Пюхтецкого монастыря в Москве, а в качестве храма для подворья была выбрана церковь в Звонарях.

Любопытна история иконы Божией Матери «Взыскание погибших», которая сегодня находится в Никольской церкви: она чудом уцелела благодаря пожилой прихожанке, которая сберегла ее и передала в Пюхтицкий женский монастырь неподалеку от Таллина. После учреждения подворья Успенского Пюхтицкого женского монастыря икона с почестями была возвращена в церковь Николы в Звонарях.