Большая пятишатровая церковь была построена архитекторами А.Ф. Мейснером и А.А. Никифоровым в 1894—1897 гг. как главный храм Клинического городка Московского университета на Девичьем поле. Дарителем храма был заслуженный профессор университета А.М. Макеев, возглавлявший Акушерскую клинику.

Освящением церкви официально завершилось строительство клинического городка. Церковь стала домовой для всех клиник на Девичьем поле, а прихожанами ее были врачи, обслуживающий персонал, больные и студенты. В храме часто крестили младенцев, рождавшихся в Акушерской клинике.

Храм стоит на стрелке улиц Погодинской и Еланского. Он как бы начинает собой Аллею жизни – трассу, образованную двумя рядами построек Клинического городка.

Даритель храма А.М. Макеев был человеком глубоко верующим. Он задумал устроить больничную церковь во имя архангела Михаила – небесного покровителя своего брата. Кроме единовременного пожертвования на проект и строительство, он финансировал ее обустройство и содержание. В ходе строительства на храм поступило еще одно пожертвование, по завещанию сотрудницы акушерской клиники Е.В. Соловьевой.

Больничный храм находился в собственности университета и был одним из лучших в Москве.

В 1911 году были устроены приделы Александра Невского и Екатерины мученицы, в честь главного жертвователя храма и его сестры.

Во время Первой мировой войны клинический городок был обращен в госпиталь, и священники церкви окормляли множество лечившихся здесь раненых воинов. Так продолжалось до революции 1917 г.

В 1918 г. Храм святого архистратига Михаила стал обычным приходским, а его имущество было объявлено «народным достоянием». В 1922 году имущество было изъято, в том числе более пуда драгоценных богослужебных предметов и даже плащаница.

В 1931 году храм закрыли для организации в нем рабочего клуба завода «Каучук».

В здании в разное время располагались «культпросветчитальня», спортзал, аптека, склад, институтский музей. Главы и колокольня были снесены, пробиты новые окна, внутренняя отделка полностью уничтожена, устроены перегородки.

В 1976 г. по инициативе 1-го Московского медицинского института им. И.М. Сеченова здание решено было снести. От уничтожения его спас известный реставратор П.Д. Барановский. Однако треть храма к тому моменту уже была разрушена. Полуразрушенным храм простоял до 1990-х гг., когда нашлись средства на его восстановление.

По инициативе ректора Медицинской академии М.А. Пальцева оба здания бывших клинических храмов были переданы Русской православной церкви.

Великое освящение храма состоялось 19 сентября 2002 года, в день, когда Церковь вспоминает чудо святого архистратига Михаила в Хонех. Освящение совершил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.

Храмовая икона архангела Михаила, увешанная крестиками, была принесена сюда из церкви Николая Чудотворца в Хамовниках. Также в церкви хранятся редкие иконы: образ Богоматери «Помощница в родах», «Целительница» и икона великомученицы Екатерины, тоже почитающейся помощницей в родах и покровительницей детей. Хранятся здесь частицы мощей великомучеников Пантелеимона и Феодора Тирона.