Каменная церковь свв. Косьмы и Дамиана («на Ржищах», «что на Шубине», «за золотой решеткой», «за Гагариным двором») стояла в Столешниковом переулке с 1626 г. Раньше на ее месте был деревянный храм, который помнил еще Дмитрия Донского. Недалеко от церкви в XIV в. находился двор знатного боярина Иоакинфа Шубы, «скрепившего своей подписью духовную грамоту Дмитрия Донского», отсюда и наименование церкви — церковь свв. Косьмы и Дамиана в Шубине.

Церковь пережила пожары и разрушения, но всегда восстанавливалась — даже вопреки приказу Петра I не вести каменного строительства в Москве. Ее пощадил пожар 1812 г., хотя весь квартал, примыкавший к храму, выгорел. Тем не менее, 1812 был печальным годом для храма: в сентябре у стен церкви наполеоновские солдаты без суда и следствия расстреляли «зажигальщиков Москвы»: «безвинные жертвы смерть претерпели» перед образом Спасителя, бывшего на стене церкви.

В 1822 г. к храму присоединили еще один придел — Воскресенский: после пожара 1812 г. прихожан Воскресенской церкви на Большой Дмитровке перевели в церковь Косьмы и Дамиана. Строительство нового предела велось под наблюдением архитектора А.Ф. Элькинского (1788-1827) на средства «прихожан и благотворителей». Тогда же была переделана апсида основного храма, а колокольня приобрела классический вид. Восьмерик колокольни «был окружен тосканскими колоннами». Однако в 1857–1858 гг. колокольню снова пришлось перестраивать: ее разобрали до первого яруса и достроили заново. Во время этой перестройки на средства братьев Ивана и Александра Борисовских был построен южный придел, посвященный свв. Косьме и Дамиану. Колокольня и новый южный придел были построены в псевдовизантийском стиле, частично они сохранились до наших дней. На средства Борисовских были также отлиты 8 храмовых колоколов. В 1887–1889 гг. на средства других прихожан — купца Д.Р. Вострякова и его жены, урожденной Хлудовой — купол, стены храма и алтаря были расписаны масляной живописью.

В 1910–1920-хх гг. регентом храма был знаменитый композитор Павел Григорьевич Чесноков. Видимо, он отпевал 8 (21) марта 1916 г. великого русского живописца В.И. Сурикова, скончавшегося 6 марта в соседнем здании гостиницы «Дрезден».

Только революция не пощадила храм. В 1922 г. он был разорен и закрыт, в 1933 г. до нижнего яруса разобрана колокольня. Здание было приспособлено под библиотеку иностранной литературы. В 1958 г. встал вопрос о сносе церкви: в Столешниковом решено было возвести многоэтажный жилой дом. К счастью, проект не был осуществлен.

Частично здание церкви было отреставрировано в 1970-е гг. Тогда была восстановлена отделка восьмерика с главкой (такой вид она имела на фотографии 1867 г.). Однако реставрация не означала передачу храма церкви. В 1980–90 гг в ней помещалась типография Хозяйственного управления Министерства культуры СССР, и только в 1991 г. в церкви возобновлено богослужение.