История храма священномученика Антипия на Колымажном дворе начинается в XVI в. Каменную церковь в Конюшенной слободе поставили около 1530 г. Храм назывался по своему местоположению: «у больших конюшен», «что в Чертолье», «что у Государевых больших конюшен».

Церковь Антипия интересна тем, что в основе ее два алтаря: во имя свмч. Антипы и малый – во имя св. Григория Декаполита. По легенде, малый алтарь строил Григорий Лукьянович Бельский, более известный как Малюта Скуратов, чей двор находился по соседству.

Святой Антипий – прославленный целитель; по преданию, он помогает избавиться от зубной боли. Это единственный в Москве Антипьевский храм, который привлекал множество страдающих зубной болью москвичей. Сюда шли молиться люди разных сословий из разных частей города. Прихожанами Антипьевского храма были и Лопухины, и Апраксины, и Оболенские; в начале ХХ в. его прихожанином был художник В. Серов, живший неподалеку.

В XVIII в. были пристроены приделы св. Николая Чудотворца (в 1722 г.), великомученицы Екатерины (в 1773 г.) и Рождества Иоанна Предтечи (в 1798 г.).

В 1912 г. напротив церкви открылся Музей изящных искусств императора Александра III. С этих пор судьба музея и храма неразрывно связаны друг с другом.

После революции, в 1929 г., церковь закрыли. Здание было отдано Центральным художественным курсам Ассоциации художников революции. Долгое время оно служило общежитием. Позднее его заняли реставрационные мастерские и отдел хранения ГМИИ им. Пушкина.

В советское время здание не ремонтировалось и было в плачевном состоянии. В 1950-х были сломаны купол и глава южного придела св. Николая.

В 1960-х гг. началась реставрация церкви под руководством архитектора Л.А. Давида. По замыслу реставраторов планировалось снести все части, появившиеся в XVII-XIX вв. Этому помешал Музей им. А.С. Пушкина, являвшийся арендатором.

В 1990-х гг. начата еще одна реставрация. В 1991 г. была образована церковная община, но только в 2005 г. храм удалось передать Русской православной церкви.