Церковь Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских стоит между Большим Афанасьевским и Филипповским переулками, занимая всю ширину квартала. Сейчас церковь отделена от Сивцева Вражка одним домом, построенным на церковной земле в 1914 году по проекту М. Д. Холмогорова.

Переулок Сивцев Вражек прошёл по руслу старинной речки Сивки. Речка впадала в бурный ручей Черторый, протекавший вдоль Пречистенского (Гоголевского) бульвара. На холме, над Сивкой и была построена деревянная церковь. Время её основания остаётся неизвестным. В приходно-расходных книгах Патриаршего приказа под 1631 годом церковь Афанасия и Кирилла значится как новоприбылая, то есть вновь построенная. Прихожанами церкви в XVII веке были москвичи, обслуживающие царский двор, в приходе было около 30 дворов.

Каменная церковь Афанасия и Кирилла с Никольским приделом была построена и отделана к 1710 году. Прихожанами в XVIII веке были большей частью дворяне, в том числе представители прославленных в истории России фамилий.

В 1812 году во время пожара приход церкви Афанасия и Кирилла выгорел, пострадала и сама церковь. Богослужения возобновились в ней в 1815 году.

В 1836 году решено было вместо старого обветшавшего и пострадавшего от пожара храма строить новый. Работы шли долго и закончились лишь в 1856 году. Возможно, что при строительстве использовали части стен старой церкви. Финансировал строительство купец К. С. Бубнов. По его настоянию главный престол был освящён во имя Воскресения Словущего, то есть в память Обновления храма Воскресения в Иерусалиме. Приделы в церкви освящены во имя святых Афанасия и Кирилла и св. Николая. Пространство храма отличается гармоничностью пропорций. В нём, благодаря работе архитектора, человек чувствует себя умиротворённым, спокойным и сосредоточенным.

Службы в церкви Афанасия и Кирилла прекратились в 1932 году, здание Филипповского двора заняли новые хозяева. В храме были разные учреждения, в том числе заводской цех. Отделка интерьера, иконостасы были уничтожены. Церковь вернули верующим в 1993 году. Тогда же вернулся в церковь и её храмовый образ – икона Афанасия и Кирилла, сохранявшаяся в соседней церкви апостола Филиппа в Филипповском переулке.