Принято считать, что церковь Зачатия праведной Анны, что в углу, в Зарядье, построена не ранее 1547 года из белого камня с кирпичными сводами. Время основания церкви на этом месте нам не известно, первое письменное упоминание деревянного храма относится к 1493 году, когда сгорела старая деревянная церковь. Сегодня храм стоит на Москворецкой набережной, 3. До 1930-х годов, то есть до сноса стен Китай-города, адрес храма был другой. Церковь тогда находилась в небольшом квартале, занимавшем угол китайгородской стены. У храма сходились два переулка, на север шёл Кривой, а по оси западного фасада к храму подходил Мокринский. Мокринский переулок сейчас не существует, но с XII до конца XV века это была главная улица Москвы. Она так и называлась - Великая улица. Улица шла от ворот Кремля до Зачатьевской церкви, параллельно реке и вела к москворецким пристаням, находившимся поблизости.

Зачатьевская церковь имела, как и сейчас, завершение фасадов трёхлопастными арками. Арки были покрыты чернолощёной черепицей. Такая форма завершения обусловлена конструкцией крещатых сводов, позволявших обходиться без внутренних столпов и одновременно как бы осенять пространство церкви крестом из пересекающихся сводов. В XVII-XVIII столетиях трёхлопастное покрытие изменили на четырёхскатную кровлю, под которой на стенах читались кокошники.

С юга в первой половине XVII века к церкви Зачатия праведной Анны был пристроен придел святого Мины. Заказчиком строительства был освободитель Москвы от интервентов князь Дмитрий Пожарский. Возможно, что освящая придел во имя св. Мины, князь Пожарский проводил параллель между освобождением Москвы от интервентов в 1612 году и освобождением России от ордынского ига. Считалось, что иго пало как раз в день св. Мины, 11(24) ноября 1480 года. Придел тоже перекрыт красивым крещатым сводом.

Северный, Екатерининский придел построен в 1658-1668 годах. Возможно, это посвящение связано с рождением у царя Алексея Михайловича дочери, царевны Екатерины Алексеевны. Вместе с приделом была построена галерея вокруг древнего храма. В 1752 году у западной стены галереи была построена скромная колокольня в стиле барокко, а широкие арки галереи превратили в обычные окна. Ремонтные работы проходили и в XIX веке.

Службы в церкви проводились до конца 1920-х годов. После закрытия храма в нём разместились разные учреждения. Внутреннее убранство церкви было уничтожено. В 1954 - 1957 годах храм исследовали знаменитые реставраторы Л.А. Давид, Б.Л. Альтшуллер, С.С. Подьяпольский. Реставрацию проводил Л.А. Давид. Он разобрал четырёхскатную кровлю и вернул трёхлопастные арки, разобрал колокольню как позднюю пристройку, восстановил галерею в первоначальных формах и построил на месте колокольни крыльцо. Были восстановлены первоначальные порталы. В таком виде церковь сохраняется как памятник московской старины и объект культурного наследия. Сейчас церковь Зачатия праведной Анны входит в состав патриаршего подворья храмов в Зарядье.