Около 1282 года на месте сегодняшней Воскресенской церкви по указу первого московского князя Даниила Александровича был основан монастырь в честь святого Даниила Столпника. В 1330 году обитель переехала на новое место: князь Иван Калита предпочёл перевести её непосредственно в Кремль, к церкви Спаса на Бору, чтобы создать «комнатный» монастырь рядом со своим дворцом (впоследствии Иван III переведёт новый монастырь в Крутицы – так появится существующий сегодня Новоспасский монастырь). Старое место Даниловского монастыря пришло в упадок и долгое время находилось в запустении. При царе Иване Грозном в 1560 году обитель была восстановлена, но севернее прежнего места, по другую сторону оврага – там и сегодня находится Даниловский монастырь.

На старом месте оставалось кладбище с небольшой деревянной церковью, которая в 1699 году на средства Фёдора Васильева была возведена в камне. Посвящение в честь Даниила Столпника исчезло, главный престол был наименован в честь Воскресения Словущего, при нём существовало три придела: Петропавловский, Никольский и Ильинский. Существующий храм сооружён в 1834–1837 году на средства состоятельного местного жителя, владельца Даниловской мануфактуры, почётного гражданина Ивана Назарьевича Рыбникова. Его большая ампирная усадьба на берегу Москвы-реки частично сохранилась до наших дней и была отреставрирована в начале 2010-х годов.

Церковь Воскресения Словущего построена архитектором Ф.М. Шестаковым и выдержана в стилистике позднего ампира: массивный куб основного храма, украшенный с севера и с юга шестиколонными ионическими портиками с фронтонами, увенчанный куполом со световой ротондой, продолжается на запад крупной трапезной и трёхъярусной колокольней над главным входом. Помимо трёх придельных храмов из старой церкви, в трапезной был добавлен четвёртый – во имя Иоанна Златоуста. С юго-запада от храма сохранился небольшой одноэтажный дом причта.

После революции Воскресенский храм продолжал действовать, сюда перешли оставшиеся на свободе монахи Даниловского монастыря, но в 1932 году богослужения прекратились и здесь. Здание занимали различные производственные учреждения, дольше всего – Московское объединение по выпуску зонтов. Интерьеры церкви оказались полностью уничтожены, снаружи утрачены главы с крестами. Формально переданный верующим вместе с Даниловым монастырём в 1983 году, Воскресенский храм лишь в 1989 году вновь стал действующим. После продолжительных реставрационных работ, завершённых в 1998 году, церкви был возвращён исторический облик: восстановлены завершения, разобраны поздние перегородки и перекрытия, воссозданы росписи и ампирный иконостас.