Церковь Петра Митрополита, возведенная в 1514–1517 гг. Алевизом Фрязиным Новым, зодчим Архангельского собора Кремля, – самый древний храм архитектурного ансамбля Высоко-Петровского монастыря. Это один из наиболее ранних в русском зодчестве столпообразных центричных многолепестковых храмов. В 1690 г. собор был частично перестроен в стиле нарышкинского барокко. В 1920-е гг. храм был закрыт. За пятивековую историю существования его первоначальный облик был утрачен и впоследствии, при реставрации 1984 г., восстановлен. 

В период с 2017 по 2018 гг. проведена реставрация фасадов с укреплением кирпичной кладки, а также кровли с воссозданием покрытия из старой и новой черепицы. Выполнены: устройство белокаменных полов, воссоздание по историческим образцам оконных и дверных заполнений, а также их фурнитуры; отреставрированы оконные решетки и металлические двери; проведена реставрация живописи.

В 2018 году церковь Петра Митрополита стала лауреатом конкурса Правительства Москвы "Московская реставрация" в номинациях "лучшая организация ремонтно-реставрационных работ" и "высокое качество ремонтно-реставрационных работ".