Церковь Никиты, что за Яузой на Вшивой горке, сегодня больше известна как Афонское подворье, то есть подворье Афонского русского Пантелеймонова монастыря. Иногда в названии храма используют форму Швивая горка, так стали называть это место в XIX веке, якобы убоявшись неприличного слова «вшивая».

Церковь находится на высоком холме, над слиянием Москвы-реки и Яузы. До строительства под холмом, в начале 1950-х годов, высотного Котельнического дома, от церкви открывались лучшие виды на Кремль и на Замоскворечье. Среди некоторых исследователей есть даже версия, что на этом месте и была основана Москва, позже перенесённая на Боровицкий холм. Это скорее легенда, не нашедшая пока археологического подтверждения. Есть и другая легенда, согласно которой на Вшивой горке в дохристианские времена было языческое святилище. Доказательством ее служит обычай строительства Никитских церквей на месте языческих капищ, св. Никиту в народе так и называли, Никита-Бесогон.

Ранняя история церкви нам не известна. Сохранилась закладная плита с датой, 1595 год. Церковь строилась торговым человеком Саввой Емельяновым Вагиным. Но к какой постройке относится дата, мнения расходятся. Некоторые считают, что в 1591 году перестроили древнюю церковь XV – начала XVI века, от которой сохранился подклет. Другие считают, что весь храм построен одновременно, сразу. Есть и первое упоминание о церкви в письменном источнике - 1476 год. А в 1533 году в церковь ударила молния, пробив стену. Храм не загорелся, следовательно, он был каменным.

В 1684-1685 годах к храму пристроили южный Благовещенский придел и колокольню. В середине следующего века к западному фасаду была пристроена открытая галерея - гульбище, виды на Москву с которой стали хрестоматийными. Церковный участок окружила красивая барочная кованая ограда.

Позже галерею перекрыли и застеклили. Были перестроены завершения храма. А в 1878—1880 годах архитектор А.М. Попов пристроил с севера небольшой Ольгинский придел.

В 1930-е годы церковь закрыли. Были разрушены ограда, ворота, завершение колокольни. Долгое время здание занимала студия Диафильм. Реставрация древней церкви началась в 1950-е годы по проекту архитектора Л.А. Давида.

В 1991 году церковь вернули верующим, с 1992 года в ней находится Афонское подворье. В 1996 году подворье построило заново, по новому проекту, в стиле XVII века ограду и ворота с башнями. В башнях освящены две часовни, Пантелеймоновская и Силуана Афонского. На церковном участке реконструированы старые постройки и выстроены новые. Служба на подворье проводится по афонскому уставу, часто ночью.