Станция открыта 15 мая 1935 года в составе первого пускового участка Московского метрополитена — «Сокольники» — «Парк культуры» с ответвлением «Охотный ряд» — «Смоленская».

По первоначальному проекту предполагалось строительство трехсводчатой станции, однако в процессе строительства он был изменен, и вместо полноценного центрального зала были сооружены два коротких распределительных зала. Один - основной, длинной 28 метров, шириной между пилонами - 7,65 метра был расположен в южном торце станции. Два прохода между пилонами, шириной 3,1 метра ведут от эскалатора на платформы боковых залов. Северный аванзал, длинной 22,8 метра находился в противоположной части станции и был ограничен двумя торцевыми стенами.

Трехсводчатой станция стала в 1971 году, когда сооружался переход на станцию «Тургеневская».

Первоначальное название станции – «Кировская» по находившейся здесь улице Кирова (ныне — Мясницкой), названной в честь государственного и партийного деятеля СССР Сергея Мироновича Кирова (1886—1934). В 1990 году переименована в «Чистые пруды».

Во время Великой Отечественной войны на станции находились отделы Генерального штаба и ПВО страны. Вдоль путей возвели временные стены, а аванзал превратили в кабинет. По этой причине в годы ВОВ поезда не останавливались на «Кировской».

Своды станционного зала поддерживают два ряда массивных спаренных пилонов, облицованных светлым уральским мрамором «коелга» и дымчатым мрамором «уфалей». Опоры свода скрыты широкими карнизами, за которыми размещены светильники. Пол выложен серым и розовым гранитом (до 1972 года покрытие было асфальтовым). До сооружения перехода на станцию «Сретенский бульвар» у торцевой стены находился бронзовый бюст С. М. Кирова, в честь которого долгое время называлась станция (автор — М. Г. Манизер). Сейчас бюст находится в переходе со станции «Сретенский бульвар» на станцию «Тургеневская» и утратил связь со станцией, называвшейся в честь Кирова. Путевые стены облицованы светло-серым мрамором (до 1997 года — белой керамической плиткой), снизу — чёрным гранитом.

Наземный вестибюль имеет кубическую форму, такая же форма была у первых вестибюлей станции «Комсомольская» (Северный выход) и «Смоленская». Однако, до нашего времени эти вестибюли не сохранились. Вестибюль станции «Чистые пруды» - единственный вестибюль такого типа, сохранившийся до наших дней.

Так же вестибюль станции один из немногих, на котором сохранилась старая надпись «МЕТРО»