Огромный Богоявленский собор не утратил своего значения в современной Москве. Уже нет как такового монастыря, рядом возникли новые здания, но он по-прежнему возвышается среди окружения, претендуя на центральное значение в Китай-городе. Его мощный купол отлично виден из Замоскворечья и способен конкурировать даже с Покровским собором на Красной площади.

Богоявленский монастырь по праву считается одним из древнейших в Москве: он был основан первым московским князем Даниилом Александровичем в 1296 году – старше него только Данилов монастырь. Поначалу все здания обители были деревянными, но в 1342 году на пожертвования боярина Протасия возводится первый каменный собор Богоявления. В дальнейшем все перестройки велись на основе этого здания: в 1571 году после нашествия крымского хана Девлет‑гирея, потом в 1624 году по окончании Смутного времени. Наконец, в 1693‑1695 годах на фундаментах старого собора было возведено существующее здание. Впоследствии оно несколько раз обновлялось, но структура более не менялась.

Выстроенный в стилистике нарышкинского барокко, Богоявленский собор ориентирован по вертикали: на четверик поставлен восьмерик, который в свою очередь увенчан вытянутым барабаном с восьмигранной главой. Фасады щедро декорированы белокаменной резьбой, особенно пышно смотрятся крупные наличники окон с фигурными колонками и гребнями. Грани восьмерика также увенчаны гребнями, а углы четверика украшены стилизованными вазами. Верхняя половина четверика прорезана с севера и с юга двойными окнами, окна подклета меньше по размеру и декорированы скромнее, но тоже элементами нарышкинского барокко. Трапезная и четверик соединены между собой широкой галереей, на которых позднее появились дополнительны приделы. Над западным входом построена колокольня, увенчанная шпилем. В интерьере внимание привлекают крупные скульптурные композиции «Коронование Богоматери», «Рождество» и «Крещение».

В нижнем храме, освященном во имя Казанской иконы Божией Матери, ранее находился обширный некрополь: здесь располагались усыпальницы самых знатных родов России – Голицыных, Шереметевых, Долгоруковых, Салтыковых и многих других. Собор сильно пострадал во время пожара 1812 года: от взрыва, произошедшего в Кремле, в здании лопнули железные связи, вылетели стекла и рамы, крест на колокольне согнуло пополам. В течение следующих нескольких лет здание было приведено в порядок.

Богоявленский монастырь был еще и одним из центров просвещения в России XVII веке. В 1685 году в нем поселились ученые-монахи из Греции – братья Софроний и Иоанникий Лихуды. Здесь же они основали свою школу, в которой преподавали греческий язык, грамматику, пиитику, риторику, логику и другие науки. Через два года, в 1687 году, школа переехала в соседний Заиконоспасский монастырь и преобразовалась в Славяно-греко-латинскую академию – это было первое высшее учебное заведение в России.

Помимо собора в монастыре существовало еще две надвратных церкви: первая, во имя Рождества Иоанна Предтечи была разобрана в 1905 году (несмотря на протесты Московского археологического общества) для строительства доходного дома на Никольской улице; а вторая, Спаса Нерукотворного Образа, утрачена в начале 1920‑х годов после закрытия монастыря.

Богослужения в соборе прекратились после революции, его убранство сильно пострадало, а сам он последовательно использовался в качестве общежития, производственных помещений и репетиционного зала. Некоторые надгробные памятники из нижнего храма и подклета были перенесены в Донской монастырь, который тогда принадлежал Музею архитектуры. 

Во время Великой Отечественной войны собор едва не был утрачен: в непосредственной близости от него, на углу Никольской и Богоявленского переулка, упал немецкий бомбардировщик. Стоявшие на этом месте здания были полностью разрушены, а сам собор лишился главы с барабаном – их снес самолет во время падения. После войны территория была расчищена и застроена массивным зданием в стиле сталинского ампира.

С 1991 года начался постепенный процесс возрождения Богоявленского собора. Монастырская жизнь не была восстановлена, поэтому собор действует в качестве приходской церкви. В 2007 году перед алтарем собора в Богоявленском переулке был установлен памятник братьям Лихудам.