Школа-студия открылась при Московском Художественном театре во время Великой Отечественной войны. Инициатором ее создания стал один из основателей МХТ, писатель и педагог Владимир Иванович Немирович-Данченко. Театральный режиссёр верил в то, что учебное заведение сможет взрастить плеяду новых талантов, «актеров будущего», как губка, впитавших в себя эмпирический опыт и энергию предыдущих поколений. Так случилось, что гениальная идея, которую озвучил выдающийся театральный деятель, по сути, стала его «последней волей». 25 апреля 1943 года Немировича-Данченко не стало. Уже на следующий день Совнарком постановил увековечить его память, в выпущенном Постановлении был пункт об основании при Художественном театре Школы-студии имени Немировича-Данченко. Первый конкурсный набор проходил летом 1943 года. Будущих студентов экзаменовали мэтры — народный артист СССР, мастер художественного слова Иван Москвин, Ольга Книппер-Чехова (ученица В. И. Немировича-Данченко и жена А. П. Чехова), а также один из ключевых актеров Художественного театра Василий Качалов. Основой преподавания актерского мастерства, разумеется, стала так называемая «система Станиславского», открывшая миру феномен переживания роли на сцене (что называется «в режиме реального времени», «здесь и сейчас»). Одновременно с актерским курсом был организован и постановочный факультет. В течение нескольких первых десятилетий среди педагогов Школы-студии были «прямые ученики» Станиславского и Немировича-Данченко: Василий Топорков, Виктор Станицын, Василий Качалов, Ольга Книппер-Чехова, Николай Хмелев, Павел Массальский, Алексей Грибов, Ангелина Степанова, Софья Пилявская. За 80 лет своего существования в числе педагогов одного из самых авторитетных театральных учебных заведений страны в разные годы были Андрей Синявский, Роман Козак, Видас Силюнас, Лев Дуров, Константин Райкин, Алла Покровская, Марина и Дмитрий Брусникины, Виктор Рыжаков. Кафедру «Пластического воспитания актера» в Школе-студии возглавляет российский хореограф и режиссер, профессор Алла Сигалова.

Первым ректором Школы-студии в 1943 году был народный артист РСФСР, режиссер, театровед и педагог Василий Григорьевич Сахновский, увековеченный М. А. Булгаковым в «Театральном романе» под фамилией Полторацкий. Следующим руководителем стал один из близких соратников Станиславского, Вениамин Захарович Радомысленский, которого за его отзывчивость и добросердечность студенты прозвали «папой Веней». Он был ректором Школы-студии с 1945 по 1980 годы, вплоть до самой своей кончины. Каждый год, каждое первое сентября студийцы и по сей день повторяют знаменитый церемониал начала учебного года Радомысленского (окончившего не только театральное отделение рабфака и искусствоведческое отделение литфака МГУ, но и отслужившего на Балтийском флоте), — повторяют его бравый клич "По коням!"

Третьим ректором Школы-студии был актер и педагог Николай Павлович Алексеев.

В 1983 году в труппу Московского Xудожественного театра был принят Олег Павлович Табаков, и спустя три года стал ректором Школы-студии (с 1986-2000 годы), выпустив четыре актерских курса. Когда О. П. Табаков возглавил Художественный театр (с 2000-2018 год), кресло ректора занял известный театровед, доктор искусствоведения Анатолий Миронович Смелянский.

В 2013 году на должность ректора Школы-студии МХАТ был избран Игорь Яковлевич Золотовицкий, заслуженный артист РФ, профессор, педагог Школы-студии МХАТ с 1989 года.

Школа-студия по-прежнему верна традициям, завещанным Константином Сергеевичем Станиславским, который в 1898 году вместе с Владимиром Немировичем-Данченко основал Московский Художественный театр. «Русский человек, как никто другой, заражен страстью к зрелищам. И чем более оно волнует и захватывает душу, тем оно для него привлекательнее. Драму, где можно поплакать, пофилософствовать о жизни, послушать умные слова, простой русский зритель любит больше, чем разухабистый водевиль, после которого уйдешь из театра с пустой душой», - писал великий реформатор в 1924 году.

Станиславский считал, что в искусстве можно позволить себе многое, «лишь бы это было художественно-убедительно». Он свято верил: что бы ни происходило, должна сохраняться преемственность традиций и поколений. Символично, что выпускник Школы-студии 1949 года Олег Николаевич Ефремов создал театр «Современник», вышедший, словно из «гоголевской шинели», из выпускного курса Школы-студии 1956 года. В свою очередь Олег Табаков, выпускник 1957 года, спустя тридцать лет тоже основал свой театр («Табакерка»). «Июльансамбль» — независимая театральная компания, созданная режиссёром и педагогом Виктором Рыжаковым в 2016 году на базе его первого курса в Школе-студии МХАТ, спустя шесть лет прекратила свое существование. Сегодня среди самых перспективных молодых актерских коллективов – «Мастерская Брусникина», труппа, возникшая на основе курса Школы-студии МХАТ под руководством уникального педагога и режиссера Дмитрия Владимировича Брусникина. Значит, театральная эстафета, запущенная Станиславским, продолжается и по сию пору.