Гордым словом "палаты", происходящим от итальянского palazzo, называют старейшие дома России, строившиеся из кирпича и камня в русских городах и монастырях в конце XV – начале XVIII столетия. Их часто называют дворцом, поскольку они являются примером новой дворцовой архитектуры, пришедшей в то время на смену традиционному палатному строительству.

В основе палат Троекурова находится постройка XVI века, показанная на плане Москвы 1626 года. Исследователи полагают, что от нее сохранились три сводчатые палаты в первом этаже южной части дома. Предполагается, что всем домом уже тогда владел именитый княжеский род Троекуровых. Скорее всего именно они капитально перестроили палаты в середине XVII века, превратив их в одно из самых высоких гражданских зданий в Москве времен Петра.

Как свидетельствуют исторические источники, боярин Троекуров (1633–1703 гг.) был человеком амбициозным, родовитым и умел ладить с властью. Он принадлежал к роду Рюриков. Его родоначальником считают князя Михаила Львовича, по прозвищу Троекур.

Дом представляет собой редкий пример перехода от традиционных боярских палат к дворцовому зданию нового типа. Композиция "глаголем" и такие декоративные элементы фасада, как спаренные колонки, отвечающие внутренней системе планировки помещений, являются характерными для древнерусского жилого зодчества. Разбивка фасада на относительно равные отрезки и анфиладное расположение парадных полов свидетельствуют о новых тенденциях.

На первом и втором этажах на фасадах сохранились профилированные междуэтажные тяги и пластичные килевидные наличники из тесаного кирпича, небольшие арочные проемы, характерные для середины XVII века. На третьем этаже окна больше по размеру и имеют прямоугольные очертания. Пышные белокаменные наличники выполнены в стиле московского барокко и характерны для концы XVII века. Белый камень применен в декоре только на южном и западном фасаде; окна северного фасада, выходившие на хозяйственный двор, не имели разных наличников.

К концу XVIII века палаты Троекуровых, находящиеся на территории Охотного ряда, оказались в оживленном торговом квартале. Здание приобрело функции доходного дома, в XIX веке использовалось Московским мещанским обществом как гостиница "Лондон".

В конце 1920-х годов Охотный Ряд был объявлен территорией очередной стройки века: сначала здесь планировали разместить Дворец Советов, потом Госбанк. 27 июня 1928 года был снесен храм Параскевы Пятницы, следом уничтожены палаты Голицыных. Чудом сохранившиеся палаты Троекуровых  стали обычным жилым домом. Интересно, что в 1956 году здесь было зарегистрировано 268 жильцов (89) семей!

В 1680 году дом пострадал в пожаре, сгорел деревянный верхний терем. К 1691 году палаты восстановлены и надстроены парадным каменным этажом, и с этого времени начинается их документальная история. Сохранилась запись о том, как боярина Ивана Борисовича Троекурова (в ту пору начальника Стрелецкого приказа и мужа родной сестры царицы Евдокии Лопухиной) в связи с новосельем государь пожаловал 40 соболями.

В 1812 году здание снова горело. При ремонте палаты утратили декор фасадов, были отштукатурены и приобрели вид ампирного дома. В интерьерах была выполнена перепланировка. На протяжении конца XVIII и в особенности XIX веков подлинная внутренняя отделка помещений палат была утрачена. 

В полном объеме реставрация проводилась в конце 1950-х – начале 60-х годов, руководила ей архитектор Гали Алферова. Важное открытие Алферовой: на чердаке палат обнаружено белокаменное мощение, тянущееся вдоль периметра наружных стен. То есть это пол открытого, обнесенного парапетом гульбища, которое окружало деревянную светелку, стоящую на сводах палат. Был полностью восстановлен богатый кирпичный декор на фасадах и в интерьерах памятника. Были восстановлены своды, оконные и дверные проемы, наличники, выявлена первоначальная планировка внутренних помещений. После завершения работ в здании разместился музей музыкальной культуры им. М.И.Глинки.

Работы по реставрации были продолжены в 1980-х годах, когда заказчиком выступал Госплан СССР, но были остановлены после ликвидации Госплана. С тех пор здание практически не эксплуатировалось и находилось в аварийном состоянии. 

В 2018-2019 гг. проведены ремонтно-реставрационные работы. Объект признан лауреатом конкурса Правительства Москвы "Московская реставрация-2020" в номинации "высокое качество ремонтно-реставрационных работ".