Старинная усадьба князя Сергея Николаевича Голицына располагалась на углу Знаменки и Малого Знаменского переулка с 1776 года. Она сгорела в пожар 1812 года и не была возобновлена в прежнем виде.

На плане от 19 мая 1861 г. бывший большой участок разделен надвое: часть его отошла коллежской советнице Александре Васильевне Каминской, которая возвела на месте сгоревших новые каменные корпуса. Следующим владельцем усадьбы стал потомственный почетный гражданин Николай Павлович Малютин, 29 января 1877 г. перепродавший ее жене врача Ольге Ивановне Бетлинг. У Ольги Ивановны на Знаменку торцом выходил сарай. Остальная часть была занята общественным дровяным складом.

21 февраля 1896 г. Малютина продала имение губернскому секретарю Павлу Николаевичу Лесли. Через год он решил сломать каменные заборы и возвести вдоль Знаменки четырехэтажное каменное здание. Однако, так и не построив доходный дом, Павел Николаевич отдал участок московскому купцу Ивану Евдокимовичу Пономареву.

И.Е. Пономарев (12.10.1837–18.09.1900), владелец нескольких мануфактур, был человеком решительным и предприимчивым. В 1899 г. архитектор Константин Федорович Буров построил тут двухэтажный дом с угловым эркером. Особняк вышел весьма оригинальный, в стиле классицизированной эклектики. Угловая часть, срезанная под 45 градусов, оформлена прямоугольным эркером с картушем-раковиной над центральным окном и узкими щелевидными окнами в боковых гранях. Ритмическое разнообразие в фасад по Знаменке вносят различия в решении десяти окон второго этажа: два украшены картушами с раковинами, предпоследнее же окно в правой части увеличено по ширине, над ним расположен треугольный фронтон с маской. Фасад по М. Знаменскому переулку насчитывает шесть окон.

Дом был оборудован по последнему слову техники: паровое отопление, ванны, раковины, клозеты, писсуары… Строительство осуществлялось невероятно быстро, но хозяин не успел пожить в новом доме. 18 сентября 1900 г. Иван Евдокимович скончался. Годом раньше, 4 сентября 1899 г. (в разгар строительства и согласования проектов), он написал завещание. Всю усадьбу он оставлял супруге — Людмиле Васильевне Пономаревой, и детям — Нине, Алексею и Софье поровну. Наследники продали особняк в 1904 г. потомственному почетному гражданину Григорию Мартыновичу Арафелову из Баку – владельцу «Нефтепромышленного и торгового общества Г.М. Арафелов и Ко». Он занимался добычей, переработкой и торговлей нефтью и нефтяными продуктами.

Торец одной из служебных построек во дворе, обращенный к Знаменке, до 2000 года был украшен рельефным портиком с немецкой надписью «ARCHITECTURA», масонскими символами в филенках и расположенной посередине львиной маской с полукруглым бассейном.

В 1913 году архитектор А.Т. Измиров перестроил для Г. Арафелова старое здание по Малому Знаменскому переулку, придав ему неоампирный декор. Во фронтоне с тех пор красуется монограмма последнего владельца. Во дворе в хозяйственных постройках располагалась небольшая текстильная фабрика Арафеловых.

После революции в 1920-е усадьбу занимали секции Коммунистической (Социалистической) академии при ВЦИК. Сегодня здесь Академическая библиотека по естественным наукам.