Вдоль острова на Москве-реке, который часто называют Болотным, располагается длинный ряд больших усадеб. На некоторых из них сохранились старинные палаты, повёрнутые главными фасадами на Москву-реку. Большие двухэтажные палаты начала XVIII века находились и в середине участка, занятого зданием Кригскомиссариата. Кроме палат, доживших до 1760-х годов, на участке и в окрестностях был большой сад, принадлежавший Строгановым. Московская легенда приписывает эти палаты Э. И. Бирону, фавориту императрицы Анны Иоанновны. На самом деле хозяин палат неизвестен. Возможно, они, как и сад были собственностью Строгановых.

В 1778 – 1780 годах на берегу Москвы-реки, вокруг уже разрушенных палат была начата стройка. Строили Кригскомиссариат, то есть ведомство по вещевому довольствию армии. С момента постройки в XVIII веке и до нашего времени здание принадлежит вооружённым силам. С 1933 года в нём располагался штаб Московского военного округа, здесь служили многие известные военачальники: С. М. Будённый, К. А. Мерецков, И. В. Тюленев, Н. И. Крылов, К. С. Москаленко, С. Л. Соколов. Фасад Кригскомиссариата со стороны Москвы-реки украшают мемориальные доски, посвященные работавшим в здании генералам и маршалам, на верхней площадке широкой лестницы перед входом установлены артиллерийские орудия времён Гражданской войны.

Проект Кригскомиссариата был разработан архитектором Николаем Леграном Это обширное, почти квадратное здание, занимающее целый квартал. На Москву-реку выходит его трёхэтажный административный корпус. К нему примыкают боковые двухэтажные корпуса, расположенные по периметру почти всего квадрата. В этих корпусах были складские помещения. До 1930-х годов со стороны Садовнической улицы в периметре корпусов Кригскомиссариата был разрыв для въезда во внутренний двор. Отсюда был хорошо виден дворовый фасад административного корпуса. По углам четырёхугольника Кригскомиссариата стоят четыре трёхэтажные башни. Верхние этажи башен украшены резьбой по камню, круглыми окнами и завершаются куполами. Резные панно с арматурой - изображением оружия украшают и главный, речной фасад административного корпуса. Кригскомиссариат построен как крепость, замок с башнями, и одновременно как изящное общественное здание, выходящее главным фасадом на реку. Это здание считается одним из самых интересных и значительных домов Москвы конца XVIII столетия.

В 1930-1932 годах двухэтажные корпуса Кригскомиссариата были надстроены по проекту архитектора Богатова. Теперь над зданием возвышаются не башни, а только их полусферические купола.

По легенде 1950-х годов, именно здесь прошли последние часы жизни Л. П. Берии, здесь, в подвалах Кригскомиссариата, он был расстрелян.