Район Богородское получил свое название от одноименного небольшого села, занимавшего до середины XIX в. небольшой участок на левом берегу реки Яузы. История села прослеживается с XIV в. (тогда оно называлось Алымово), хоть скудость источников не позволяет точно определить, кто владел тогда этими землями. Зато доподлинно известно, что в 1568 г. селение было передано в собственность Чудову монастырю и числилось за ним вплоть до 1764 г., когда было секулязированно. Деревня вместе с жителями перешла в подчинение Коллегии экономии. Важный этап в истории Богородского относится ко второй половине XIX в., когда местные крестьяне первыми в Подмосковье расплатились с выкупными платежами, а затем распродали большинство своих земель Часть из них затем перебралась в поисках лучшей доли в другие края, кто-то остался, устроившись работать у новых землевладельцев. На месте бывшего сельца началось активное строительство дач. Земля привлекала покупателей своей дешевизной и к 1880 г. в районе насчитывалось уже около 200 новых дачных домов. В свое время здесь отдыхали многие представители отечественной интеллигенции – художник И.И.Шишкин, композиторы П.И.Чайковский, М.А.Балакирев, А.П.Бородин. Вокруг дач формировалась инфраструктура: появились многочисленные продовольственные лавки, ресторан и даже летний театр.

В тоже время вокруг района увеличивалось количество различных предприятий, в основном небольших текстильных и красильных. Первым крупным предприятием стала построенная в 1888 г. резиновая мануфактура, преобразованная в 1910 г. в акционерное общество «Богатырь», а в советское время известная под названием «Красный богатырь».

Окончательно в состав города Богородское было включено в 1902 г. В это время здесь стали строить первые каменные дома, чуть позже провели трамвайную линию. К 1917 г. граница района проходила по современному бульвару Рокоссовского. Главной улицей была Большая Богородская, появившаяся на участке сельского тракта. Рядом с ней в 1880 г. освятили небольшую деревянную церковь Спаса Преображения. Строительство храма инициировали жители Богородского, более тридцати местных землевладельцев пожертвовали для этого свою землю. Проект разработал архитектор Н.А.Ипатьев. Строительство пришлось на конец 1870-х гг. Вначале приход приписали к селу Черкизово, ежедневные службы проводились только летом. Но население в районе постепенно увеличивалось и церковь получила самостоятельность, возникли даже планы ее расширении. В 1896 г. по проекту архитектора Ф.П.Скоморошенко к центральной части храма была пристроена деревянная галерея с двумя приделами. Напротив храма возвели здание церковно-приходского училища.

Храм выполнен в модном в то время «неорусском» стиле, обращенном к традициям древнерусского зодчества и народного искусства. Деревянное, рубленное «в обло» здание церкви оштукатурено и окрашено в розовый цвет. В композиции храма доминируют две вертикали: завершение главного храма и двухъярусная колокольня. Основной объем завершен восьмигранными шатром и световым барабаном, увенчанным золоченной луковичной главой и восьмиконечным крестом. Ярус звона с шатровой кровлей, над которой возвышается четырехгранный барабан с главкой и крестом. Окна и элементы фасадов украшены изящной деревянной резьбой.

Всех священнослужителей Спасской церкви хоронили на Богородском кладбище и могилы некоторых сохранились. В начале ХХ в. на месте деревянной кладбищенской часовни была выстроена каменная в псевдорусском стиле, которая также является памятником истории и культуры.

Церковь не закрывали в советское время, правда, значительно урезали ее территорию. 

В 1954 г. храм пострадал от пожара, погибло много живописи, иконостасы, киоты. Восстановление началось почти сразу под руководством архитектора Е.А. Черникова. 

Ремонтно-реставрационные работы в храме проводились также в начале 1990-х гг.