Лет двести назад можно было сказать, что церковь эта расположена на высоком берегу Москва-реки при впадении в нее речки Пресни. Сейчас же она стоит далеко от воды, служа доминантой двух переулков. Церковь известна с конца XVII века и никогда не закрывалась. Первоначально была деревянной и выходила непосредственно к переулку, располагаясь на месте современной колокольни.

В 1714 году решили построить новую каменную церковь, но деревянную не разрушили, а заложили новый храм рядом. Как знали, что могут остаться вообще без церкви – вышел указ Петра I о запрещении каменного строительства в Москве. Указ был отменен в 1728 году, а освящение каменного храма состоялось в 1734 году. После этого разобрали деревянную церковь, и новый каменный храм с деревянной колокольней оказался в глубине участка. До XIX века церковь простояла в таком виде.

В 1804 году колокольня сгорела. Тогда было решено изменить архитектуру храма, а новую трехъярусную каменную колокольню вынести на красную линию улицы. Она была построена в 1810 году и стала украшением церкви и входом в храм, представляя с ним одно целое.

Расходы и хлопоты о переделках взяли на себя именитые жильцы прихода. Колокольня строилась при участии купца Федора Резанова, Николай Ушаков, служивший в комиссии от строений, занимался поисками архитекторов. Доктор Матвей Мудров сделал немалые пожертвования на возведение трапезной и роспись стен. В результате его трудов появился новый придел во имя Софии Премудрости Божией (небесной покровительницы его жены и дочери).

В конце XIX века понадобились новые переделки и новые росписи, которые были произведены в 1898 году. На восточном своде храма и у северной стены росписи выполнены в точном подобии фрескам Владимирского собора в Киеве. И есть основательные предположения, что принадлежат они кисти В.М. Васнецова. Достоверно известно, что он руководил здесь росписями стен. В храме не только фрески, но и мозаика сводов, также характерна для мастерства Васнецова.

Церковь не была закрыта в советские годы. Конечно, ее ограбили, сняли колокола, но службы проходили все годы. В послевоенное время количество прихожан настолько увеличилось, что во время праздников трудно было войти в переулок. С оживлением церковной жизни появилась возможность заняться реставрацией храма, благодаря которой открылись фрески В.М. Васнецова.