Одна из старейших улиц Китай-города Ильинка получила свое название от храма, сохранившегося до наших дней. Однако, поскольку он скрыт за более поздними строениями, о храме сегодня мало кто знает. А история у храма, между тем, богатейшая.

О возведении этого храма (приписываемого Алевизу Фрязину) летописный источник сообщает: «Того же лета (1519 г.) месяца мая 11 день заложиша церковь каменну за Торгом в монастыре святого Илию...». А спустя полтора года: «в лето 7029 (1521г.) месяца сентября 2 день священа церковь каменна святого Илии в Торгу на Дмитриевской улице, да придел Климента святого». Храм стал первой каменной постройкой в Ильинском монастыре и одной из первых известных сегодня каменных построек Китай-города. Уже через насколько лет после его возведения улица, прежде называвшаяся Дмитриевской, стала носить имя Ильинка.

Ильинский монастырь соседствовал с торгом и усадьбой земского казначея Хозяина Юрьевича Тютина. Казначей был казнен Иваном Грозным, а его двор пожалован "на приезд" Новгородскому архиерею. Так рядом с Ильинским монастырем возникло Новгородское архиерейское подворье, вскоре сыгравшее в истории России заметную роль: здесь в 1591 г. останавливался митрополит Дионисий Търновский, который привез в Москву акты Константинопольского собора 1590 года об утверждении патриаршества на Руси.

Монастырь также был причастен к важным историческим событиям. Именно с набата Ильинского колокола началось в Смутное время восстание против Лжедмитрия I, о чем упомянуто в летописи: "…маия в 17 день, на память святаго отца нашего Андроника … Благочестивии князи (Шуйские) повелеша ударить в колокола, первое у святаго пророка Илии, по той Ильинской улице, и в рядох и у святых церквей, и в монастырех, потом же у собора Пресвятей Богородицы, потом же в набаты градные….".

После Смуты Ильинский монастырь не был возрожден, и Ильинская церковь "что в Ветошном ряду" в 1625 году упоминается уже только как приходской храм. На земле бывшего монастыря разместились кладбище и дворы церковного причта (попа, дьякона, пономаря и просвирницы).

Главными историческими событиями на протяжении всего XVII века, связанными с храмом Ильи пророка, были ежегодные крестные ходы с участием правителей, высшего духовенства и всех горожан. После пожара 1676 года церковь вместе с церковной землей по прошению Новгородского митрополита Корнилия была присоединена к Новгородскому подворью, сохраняя при этом и приходские функции, а причт из своих дворов переселился в казенное жилье подворья.

Расширенное подворье было перестроено, а храм надстроен и обнесен галереей. В новый верхний храм перенесли престол в честь пророка Илии, древний нижний – сделали теплым и освятили в честь апостола Тимофея. До середины XVIII века во "властелинских покоях" Новгородского подворья останавливались архиереи, а обер-прокурора синода Феодосия Яновского навещал здесь император Петр I.

Приход Ильинского храма составляли патриаршии, а затем синодальные певчие. В этом приходе в семье синодального иподьякона выросли два выдающихся архиерея XVIII века, братья митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил и архиепископ Тобольский Варлаам (Петровы).

С середины XVIII века постройки подворья начали сдавать в аренду купцам. В 1860-х годах Новгородское подворье было на полстолетия арендовано предпринимателями А.Пороховщиковым и Н.Азанчевским. На территории подворья и соседней Певческой слободы по проекту архитектора А.С.Никитина был возведен комплекс Теплых торговых рядов. При строительстве этих новых трехэтажных зданий в основном использовались старые фундаменты каменных построек подворья и Певческой слободы, что и определило местоположение отдельных корпусов комплекса.

При строительстве "церковного корпуса" Теплых торговых рядов нижний храм 1519 года был упразднен и засыпан, а верхний, изуродованный перестройкой, продолжал действовать до советского времени. В 1920-е годы храм был закрыт, а в здании разместились различные организации, которые довели его до аварийного состояния.

Храм пророка Илии является объектом культурного наследия федерального значения. В 1997 году с возрождением церковной жизни в здании начались противоаварийные работы. В 2000 году был раскрыт объем нижнего храма XVI века, находящийся в толще культурного слоя ниже уровня улицы Ильинки примерно на три метра.

После освобождения стен от фанерной обшивки в верхнем храме была раскрыта уникальная живопись начала XIX в., которая составляла единый ансамбль, посвященный евангельским чтениям Цветной Триоди от Пасхи до недели Всех Святых. Художники-реставраторы по специальной технологии сняли со стен живописные композиции с наслоениями штукатурки. Затем с тыльной стороны росписи до самого масляного слоя освободили штукатурку и образовавшуюся картину наклеили на заранее заготовленные холсты с подрамниками. После этого с лицевой стороны были удалены профилактические заклейки и старый клей, проведены работы по расчистке загрязнений и поздних прописей. Частичные утраты на живописных полотнах решили не восстанавливать, чтобы потомкам были видны исторические росписи. Работы на объекте длились около двух лет и завершились в 2008 г. По завершении реставрации снятые и смонтированные на новое основание росписи церкви Илии Пророка побывали на многих выставках: в Белых палатах, в Гостином Дворе, на Всероссийской реставрационной выставке в Малом Манеже и на выставке «Свет миру» в Центральном Манеже Москвы. В данный момент полотна экспонируют в храме Илии Пророка в подклете. Выставка уникальна тем, что впервые показаны все снятые со стен и перенесенные на холст композиции. Такой ход позволяет современникам составить представление о художественном убранстве верхнего храма в XIX в.

Церковь признана лауреатом конкурса Правительства Москвы в области сохранения и популяризации объектов культурного наследия "Московская реставрация - 2015".

В настоящее время в верхнем храме проводятся богослужения, а в нижнем размещена выставка росписей храма, чудом уцелевших в советское время и перенесенных реставраторами на холст.