Этот дом является частью большой усадьбы, построенной здесь в 1822 году дворянами Васильчиковыми. Ее полную историю можно прочитать, обратившись к соседнему дому №14 по Гоголевскому бульвару. С 1865 года усадьба принадлежала семье купца Александра Владимировича Алексеева.

В 1884 году после смерти своего супруга Елизавета Михайловна Алексеева, урожденная Бостанджогло, разделила свою усадьбу на две части и большую часть с главным домом продала. А себе в 1885-1886 годах выстроила небольшой двухэтажный особняк на углу с Колымажным переулком. Это проект Дмитрия Николаевича Чичагова, который и тут показал себя непревзойденным мастером эклектики. Особняк, флигели и хозяйственные постройки образуют каре, которое размыкается красивыми воротами в правом углу, на бульваре. На торце, выходящем во двор, в овале из затейливого орнамента красуется большой вензель хозяйки - «А».

После смерти Е.М. Алексеевой, в 1908 году особняк достался ее младшей дочери Елизавете Александровне Руперти. Она заказала некоторую переделку интерьеров архитектору А.Э. Эрихсону.

В 1918 году старых хозяев выселили, и тут обосновался один из департаментов Комиссариата земледелия. В годы Великой Отечественной войны и в первые послевоенные годы здесь располагалось Главное управление контрразведки «СМЕРШ» Народного комиссариата обороны (НКО) СССР.