В начале XX в. в Большом Трубецком переулке (ныне ‒ переулок Виктора Хользунова) на деньги купца П. Г. Шелапутина был построен комплекс современных новых учебных заведений. Шелапутины происходили из покровских купцов. Переселились в Москву в конце XVIII столетия и в 1792 г. торговали в снеточном ряду. Наследник всех их капиталов во второй половине XIX в. потомственный почетный гражданин П. Г. Шелапутин был совладельцем Товарищества Балашинской мануфактуры и председателем правления Общества Средних торговых рядов на Красной площади. За свои заслуги он был возведен в потомственное дворянство. Женатый на купеческой дочери А. А. Медынцевой, Павел Григорьевич имел пятерых детей. Молодые, талантливые, они, к сожалению, рано ушли из жизни. Павла Григорьевича постигла горькая, страшная участь пережить трех своих сыновей.

Сначала в 1898 г. умер Григорий, незаурядный художник, ученик и друг известного живописца М. В. Нестерова. В его память Павел Григорьевич в 1901 г. во владении 14 по переулку Хользунова устраивает мужскую гимназию с пансионом на 80 воспитанников. Проектировал и строил здание архитектор Р. И. Клейн. Здание гимназии было довольно обширным по размерам. Оно представляло собой двухэтажный угловой дом на пересечении Большого Трубецкого (ныне ‒ Хользунова) и Оболенского переулков. Богато декорированный колоннами коринфского ордера и лепниной классический фасад гимназии выходит в переулок Хользунова. На втором этаже находится большой актовый зал с арочными окнами, дающий в него много света. 
Внушительное по размаху здание было построено по новому типу. Там были устроены специальные просторные, светлые, с высокими потолками и большими окнами классы, аудитории, мастерские, актовый и гимнастический залы. И не учителя ходили по классам, где в одной и той же аудитории преподавали ученикам разные предметы, а ученики. Для отдыха были устроены большие рекреации и коридоры. Для пансионеров были устроены спальни, кухня, столовая, «умывальня» и душевое помещение, а также докторский кабинет. 
Со двора к гимназии примыкала церковь Святого Григория Богослова, соединенная через широкую арку с актовым залом. Она была освящена 25 ноября 1901 г. в память о Г. Шелапутине и являлась домовым храмом гимназии. Имя Григория также было выведено на фасаде здания. Храм обладал богатым убранством: дубовым резным иконостасом в два яруса, царскими вратами из бронзы, иконами, написанными академиком живописи К. Е. Маковским (золотой венец одной из них был украшен тремя очень крупными жемчужинами стоимостью около 20 тысяч рублей).

В 1914-1915 гг. одним из учеников подготовительного класса гимназии им. Г. Шелапутина был будущий великий русский писатель М. Шолохов, автор знаменитого романа «Тихий Дон». 

За свою благотворительную деятельность П. Г. получил потомственное дворянство, звание действительного статского советника, был награжден орденами, став почетным гражданином Москвы.

В 1920-е гг. в здании находилось общежитие № 1 Академии коммунистического воспитания, которая расположилась в соседнем здании Педагогического института им. П. Г. Шелапутина. С 1936 г. в комплексе зданий находилась Академия Генерального штаба РККА. От нее на фасаде здания гимназии остались три мемориальные доски в честь маршалов Л. А. Говорова, А. А. Гречко и М. В. Захарова, которые учились в военной академии. В настоящее время в здании находится Главная военная прокуратура.

Здание гимназии им. Г. Шелапутина является объектом культурного наследия города Москвы.