В 1591 году на территории Донского монастыря появилось монастырское кладбище, в настоящее время – Старое Донское кладбище. Оно занимает площадь в 2 га, берет начало от Михайловской церкви (усыпальницы князей Голицыных), простирается к Большому и Малому собору и далее в юго-восточную часть монастыря.

До наших дней здесь сохранились могилы грузинских царевичей Давида, Матвея и Александра (конец XVII – начало XVIII вв.). Здесь погребены известные общественные деятели, писатели и поэты, архитекторы, художники, философы, артисты, ученые, герои Отечественной войны 1812 г. и обороны Севастополя 1854–1855 гг., декабристы, философы Петр Чаадаев и Иван Ильин, писатели Михаил Херасков, Александр Сумароков, Иван Дмитриев, Владимир Одоевский, Александр Солженицын, художник Василий Перов, патриарх Московский Тихон, учёные Василий Ключевский и Николай Жуковский, архитектор Осип Бове, белые генералы Антон Деникин и Владимир Капель, помещица Дарья Салтыкова (Салтычиха) и др.

На могилах установлены работы скульпторов Г.Т.Замараева, И.П.Мартоса, И.П.Витали. Здесь же находятся горельефы со старого здания храма Христа Спасителя, взорванного в 1931 году.

В советское время Донской монастырь являлся филиалом Музея архитектуры им. Щусева. Сейчас монастырь снова принадлежит Русской Православной Церкви.

В настоящее время на Старом Донском кладбище новые захоронения не производятся. Кладбище открыто для экскурсий.

Новое Донское кладбище, появившееся в конце XIX в., расположено за южной стеной монастыря. До 1917 года здесь хоронили в основном представителей интеллигенции. На его территории находятся две церкви – Иоанна Лествичника и Серафима Саровского. Последняя была в 1927 г. перестроена в первый московский крематорий. Он просуществовал до 1990-х годов, а ныне в здании вновь обустроена церковь.

На одном из колумбариев – барельеф работы Эрнста Неизвестного.

На территории Нового кладбища находится Братская могила воинов, погибших в 1941–1945 гг. и умерших от ран в московских госпиталях. К 60-летию Победы в Великой Отечественной войне воинский некрополь был реконструирован. Здесь покоится прах 15 тысяч человек. По соседству расположены три общие могилы, в которых захоронены жертвы сталинских репрессий; есть также захоронение пленных японских солдат.

Неподалеку находится братская могила «невостребованных прахов» – там, в частности, погребены писатель Исаак Бабель, Павел Васильев, Сергей Клычков, Михаил Кольцов, режиссер Всеволод Мейерхольд, маршалы Михаил Тухачевский и Василий Блюхер, Павел Постышев.

На Новом Донском кладбище погребены 16 Героев Советского Союза. Здесь могилы певицы Майи Кристалинской и актрисы Фаины Раневской, Марии Гартунг (дочери Александра Пушкина и прототипа Анны Карениной). На могиле председателя первой Государственной Думы Сергея Муромцева стоит один из самых величественных монументов работы Федора Шехтеля с бронзовым бюстом, выполненным Павлом (Паоло) Трубецким. Здесь же захоронения разведчиков Вильяма Фишера (Рудольф Абель) и Конона Молодого, Наума Эйтингона, художника и фотографа Александра Родченко и его жены Варвары Степановой, поэтов Дмитрия Пригова, Бориса Брянского и Евгения Долматовского и других.