В основу планировки Морозовской детской больницы, после изучения европейского опыта устройства аналогичных учреждений, был положен павильонный принцип. Для разных категорий больных планировались и строились отдельные изолированные корпуса, в зависимости от профиля заболевания. Делалось это для того, чтобы пациенты не заражали друг друга. Так решила специальная врачебная комиссия, разрабатывавшая программу устройства Морозовской больницы. Ее составили главный врач больницы св. Владимира С.Василевский, главный врач Сокольнической больницы В.Шнауберт и главный врач проектируемой Морозовской больницы Н.Алексеев. Согласно этой программе работал архитектор И.А.Иванов-Шиц, разрабатывая план территории и расположения больничных корпусов.

Основой больничного корпуса стал обширный общий зал, к которому примыкали специальные палаты меньшего размера.

Корпус для дифтеритного (дифтерийного) отделения был построен в 1902 году. Отделение было открыто – в числе первых в Морозовской больнице – в январе 1903 года. Оно было предназначено для 40 больных. В здании было 2 павильона по 14 кроватей, 2 паровых комнаты по 2 кровати, 2 палаты по 3 кровати, 1 палата на 2 кровати, операционная, лаборатория, 2 буфета, 2 клозета и 2 комнаты для дневного пребывания детей. Планировка и отделка здания дифтеритного отделения аналогичны «скарлатинному корпусу» Морозовской больницы. При необходимости, в случае увеличения опасности распространения инфекции, корпус мог быть разделен на два самостоятельных отделения с отдельными входами.

Первоначально здание было одноэтажным, второй этаж имелся только в левой части, где располагались входы в корпус: основной, акцентированный своеобразным «порталом», и вспомогательный. Асимметричная композиция придавала зданию определенную динамичность. Центр правой, одноэтажной части дифтеритного корпуса выделен ризалитом, в котором расположено большое окно, по ширине превосходящее остальные. Все окна украшены своеобразными модерновыми «сандриками». Они выделялись на фоне неоштукатуренных кирпичных стен. Здание поставлено на невысокий цокольный этаж с заглубленными в землю окнами.

В 1950 году одноэтажная часть здания надстроена вторым этажом. К зданию также сделаны в советское время пристройки, что нарушило первоначальную композицию Дифтеритного корпуса. Однако первоначальное ядро здания хорошо сохранилось.