Основанный около 1282 года первым московским князем Даниилом в честь святого Даниила Столпника, Даниловский монастырь через полвека переехал: в 1330 году Иван Калита перевел его в Кремль, чтобы создать «комнатный» монастырь рядом со своим дворцом (впоследствии Иван III переведет его на Крутицы, так появится ныне существующий Новоспасский монастырь). Старое место Даниловского монастыря находилось в запустении, но в 1560 году по указу Ивана Грозного обитель была восстановлена. Тогда же выстроен монастырский собор во имя Семи Вселенских Соборов, перестроенное здание существует и сегодня. Монастырская ограда, выстроенная в камне в XVI веке, не раз перестраивалась.

Главный собор, созданный в 1560 году, перестраивался в середине XVII века, а затем в 1729 году, тогда же он получил обработку фасадов с элементами нарышкинского барокко, которое к тому времени уже почти не использовалось. До ХХ века здесь хранились мощи святого благоверного князя Даниила Московского. Особое значение в формировании площади перед монастырем играет надвратная колокольня с церковью Симеона Столпника. Трехпролетные северные ворота были заново построены в 1681 году, а церковь-колокольня над ними – в 1731–1732 годах. Позднее она стала больничной при соседнем корпусе больницы для монахов Московской епархии. Колокола Даниловского монастыря славились своей мелодичностью: этот подбор считался одним из лучших в Москве.

В 1833–1838 годах посреди монастырского двора на средства купцов Куманиных и Шустовых выдающимся архитектором О.И. Бове была построена церковь Живоначальной Троицы. Она создавалась как вторая соборная и вмещала до 3000 человек.

Даниловский монастырь закрыли в 1930 году, последним в Москве. Его превратили в детскую колонию-изолятор НКВД, была снесена колокольня и уничтожены интерьеры всех церквей. Разграблен и уничтожен был и монастырский некрополь, лишь несколько могил выдающихся деятелей искусства (в том числе Н.В. Гоголя) перенесли на Новодевичье кладбище. Даниловские колокола были назначены к переплавке, но оказались проданы по цене металлолома американскому дипломату Чарльзу Крейну и находились в Гарвардском университете до 2007 года, когда после долгих переговоров были возвращены в обмен на точные копии.

В 1983 году комплекс передан церкви для создания патриаршей резиденции. Реставрационные работы в целом завершены к 1988 году. Появилась новая церковь во имя преподобного Серафима Саровского, здание Патриаршей резиденции с храмом Всех Святых, часовня на месте кладбища и часовня в память 1000-летия Крещения Руси.