Здание было построено в 1896 г. для размещения в нем Общеклинической амбулатории при Клиническом городке Московского университета.

Здание Амбулатории является центральным. От него расходятся симметричные строения Факультетской и Госпитальной клиник.

При открытии Клиники фасад ее был украшен мраморной табличкой, которая гласила, что она была сооружена на средства В.А. Алексеевой, потомственной почетной гражданки и известной московской благотворительницы. Средства поступили после ее смерти, в 1894 г. в память о щедром даре амбулатория носила имя Алексеевых.

Основателем и первым директором амбулатории был заслуженный ординарный профессор В.Д. Шервинский, один из основоположников российской эндокринологии. Изначально клиника должна была заниматься изучением и лечением внутренних болезней, но в ней разрешался прием и амбулаторное лечение больных.

Архитектором здания был И.П. Залесский. Судя по сохранившимся чертежам, он планировал здание помпезное, пышно украшенное деталями. Однако вмешался К.М. Быковский, который проектировал весь клинический городок. Пышное здание не гармонировало бы с другими, поэтому был утвержден более простой проект, с четырьмя колонами по фасаду.

На первом этаже располагалось приемное отделение из пяти небольших кабинетов. На втором этаже студенты университета слушали лекции, там же находился кабинет профессора, лаборатория и музей. В амбулатории были также водолечебница, электрокардиографический кабинет и собственная аптека.

С 1930 г. в здании размещался ректорат 1-го Московского мединститута. В 1958 г. перед зданием был установлен памятник основоположнику российской физиологии И.М. Сеченову (автор проекта - Л.Е. Кербель).

Расположенный здесь сегодня Музей истории медицины был создан в 1990 г. по инициативе заведующего кафедрой истории медицины академика А.М. Сточика. Поначалу музей занимал только второй этаж, но в 2004 г. Ученый совет Университета отдал под него все здание. В 2006 г. в ходе ремонта и реставрации были восстановлены холл и залы первого этажа, а также аудитория второго этажа с антресолями и уникальной чугунной лестницей.

Основу коллекции музея составляют уникальные документы и памятники, связанные с историей Университетского городка. Из клиник и семейных архивов сюда переданы мебель, библиотеки, личные архивы, фотографии известных врачей-клиницистов и ученых, редкие западноевропейские и российские медицинские учебные пособия и руководства, анатомические атласы и печатные издания XVI-XX вв., коллекция диссертаций по различным отраслям медицинской науки, медицинская периодическая печать XIX-XX вв., альбомы выпускников медицинского факультета, приборы, медицинские знаки, именные и памятные медали.