Коллекция минералов и горных пород насчитывает 270 предметов. Основной состав коллекции был получен музеем в дар от Общества любителей камня в 1999 году, с тех пор она пополнялась незначительно, тем не менее, в ней есть редкие и интересные образцы руд, поделочных и ювелирных камней и практически все группы минералов — от самых распространённых до редко встречающихся. Коллекция неоднократно использовалась на выставке «Удивительное в камне» как основной материал и в качестве вспомогательного и иллюстративного материала — на выставках музея, посвящённых биографиям великих учёных, особо охраняемым природным территориям и на некоторых других.

Наиболее широко в коллекции представлены минералы класса силикатов (33 вида). Это такие минералы, как ставролит (группа оливина); благородный тальк (группа амфиболов), являющийся эталоном самой низкой твердости в шкале Мооса; амазонит (группа полевых шпатов); асбест (группа серпентина) — минерал, дающий огнеупорное волокно; диоптаз, турмалин и берилл (подкласс кольцевых силикатов). Турмалин и диоптаз, знакомый многим по сказкам Бажова (промышленное название диоптаза — медный изумруд, «слёзы Хозяйки Медной горы»), являются ценными ювелирно-поделочными минералами, а берилл, кроме того, используется как основной источник бериллия. Разновидность берилла — изумруд — является ювелирным камнем 1 класса.

Класс оксиды представлен в коллекции 27-ю разновидностями минералов. Это представители группы кварца — ювелирно-поделочные камни, такие как аметист, горный хрусталь и молочный кварц, а также многочисленные разновидности халцедона.

Класс сульфиды представлен в коллекции 10-ю минералами. Это сернистые соединения различных металлов, являющиеся одними из наиболее важных в промышленности минералов — подавляющее большинство руд цветных металлов представлено их сульфидами. В коллекции имеются образцы таких сульфидов, как антимонит (источник промышленного получения сурьмы), пирит (железный колчедан, сырьё для получения серной кислоты), клейофан (основная цинковая руда и источник получения редких металлов, таких как кадмий, индий и германий), киноварь и другие.

В коллекцию входят также минералы классов сульфатов (гипс), фосфатов (вивианит и бирюза), галогенидов (флюорит, каменная соль), карбонатов (кальцит, малахит, азурит), хроматов (красная свинцовая руда). Класс простых (самородных) веществ представлен различными образцами самородной серы, класс органических веществ — янтарём. Кроме того, в коллекции собраны осадочные, магматические и метаморфические горные породы, например пегматит, образцы мрамора.

Общество любителей камня возникло в 1990 году на базе подсекции минералогии и поделочных камней при Московском обществе испытателей природы. В 1990 годы оно насчитывало около 300 членов. Общество организует лекции и практические занятия, выставки, обмены и аукционы, оказывает содействие в приобретении оборудования и материалов. Одна из целей — создание народного музея коллекций и изделий из камня. Среди членов Общества преобладает интерес к поделочному камню; есть и коллекционеры.